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    15 March 2020

    Rotas para importação de COVID-19 no Brasil

    O surto global causado pela síndrome respiratória aguda grave de coronavírus-2 (SARS-CoV-2) foi recentemente declarado uma pandemia pela OMS. Como o número de casos de SARS-CoV-2 está em ascensão no Brasil , usamos dados de incidência e históricos de viagens aéreas estimar as rotas mais importantes de importação para o país. Relatório sobre o assunto em  MedRxiv . Este artigo foi publicado no Journal of Travel Medicine .

    28 February 2020

    Primeiros casos de doença por coronavírus (COVID-19) no Brasil

    Fornecemos um breve relatório e análise filogenética dos casos confirmados de COVID-2 no Brasil. De 488 casos suspeitos,  dois testaram positivo para COVID-19 até o momento. Esses dois casos viajaram para o norte da Itália. Descrições clínicas e epidemiológicas detalhadas para pacientes suspeitos e confirmados, inclusive para os dois pacientes aqui relatados, estão disponíveis na Rede Nacional de Alerta e Resposta a Emergências em Saúde Pública do Ministério da Saúde do Brasil. Relatório completo disponível em Virological.org.

    2020

    Souza et al. (2019) Vigilância genômica das ondas epidêmicas do vírus da febre amarela em São Paulo, Brasil, 2017 – 2018, BioRxiv

    Desde julho de 2016, o sudeste do Brasil experimentou o maior surto do vírus da febre amarela (YFV) em décadas. Usando nossos protocolos de sequênciamento portáteis validados , geramos 46 genomas completos de YFV e investigamos a distribuição geográfica e temporal de casos observados em primatas não humanos no estado de São Paulo. Descobrimos que a maioria dos casos em São Paulo resulta de uma única introdução de Minas Gerais que se espalha a uma taxa de 1 km por dia, consistente com um cenário de propagação contínua em comunidades de primatas não humanos e vetor silvático entre manchas de floresta, com transbordamentos ocasionais populações humanas não vacinadas.

    18 November 2019

    Goes de Jesus et al. (2019) Identificação precoce da substituição da linhagem do vírus da dengue no Brasil usando vigilância genômica portátil Virological.org BioRXiv

    Este estudo usa protocolos validados de sequenciamento portátil para gerar rapidamente os primeiros dados genômicos de vírus a partir de 20 casos ocorridos em Araraquara e São José do Rio Preto, estado de São Paulo, Brasil. Descobrimos que o surto de dengue de 2019 no Brasil nessa região é causado por um recém-introduzido genótipo III de DENV, genótipo III (asiático / americano), que está substituindo linhagens de DENV2 em circulação anterior.

    14 February 2020

    Gutierrez et al. (2019) A dinâmica evolutiva do vírus Oropouche (OROV) na América do Sul, Journal of Virology

    A bacia amazônica é sede de inúmeros patógenos virais transmitidos por artrópodes que causam doenças febris em humanos. Entre estes, o Oropouche Orthobunyavirus (OROV) é um membro relativamente pouco estudado dos Peribunyavirales que causa surtos periódicos em populações humanas no Brasil e em outros países da América do Sul. Nossos resultados mostram que diferentes processos evolutivos nos três segmentos que englobam o genoma viral do OROV levam a taxas evolutivas variáveis ​​e datas de divergência que podem ser explicadas pelo rearranjo críptico. Apresentamos também a descoberta de locais de glicosilação ligados a N putativos anteriormente não observados e códons que evoluem sob seleção positiva nas proteínas da superfície viral e discutimos o papel potencial dessas características na evolução do vírus por meio de uma abordagem filogenética e estrutural combinada.

    31 January 2020

    Infecções por vírus Sabia em casos suspeitos de febre amarela em São Paulo Paulo, Brasil

    Fornecemos um breve relatório sobre dois casos de vírus Sabia detectados em São Paulo, Brasil, em dezembro de 2019. Utilizamos novo protocolo metagenômico do CADDE e projetar novos iniciadores e sondas de diagnóstico de PCR que possam cobrir uma diversidade maior de cepas de SABV no Brasil. Um relatório preliminar sobre nossos resultados pode ser encontrado aqui .

    18 February 2020

    Vigilância genômica e epidemiológica do vírus zika na região amazônica

    O vírus zika causa 4.929 suspeitas de infecções por ZIKV e 46 casos de síndrome congênita em Manaus, Amazonas, Brasil. Aqui usamos sequenciamento de genoma de vírus portátil para gerar 59 genomas de ZIKV em Manaus. Nosso estudo revelou como a epidemia de ZIKV foi iniciada e mantida na maior metrópole urbana da Amazônia. Confira nosso estudo publicado em Cell Reports .