10 Maio 2022
Flutuações espaciais e temporais nas taxas de letalidade por COVID-19 em hospitais brasileiros, Nature Medicine, Leia mais
A variante gama preocupante do coronavírus 2 da síndrome respiratória aguda grave (SARS-CoV-2) se espalhou rapidamente pelo Brasil desde o final de 2020, causando ondas substanciais de infecção e morte. Aqui, usamos registros de pacientes em nível individual após hospitalização com suspeita ou confirmação de doença por coronavírus 2019 (COVID-19) entre 20 de janeiro de 2020 e 26 de julho de 2021 para documentar choques temporários e abrangentes nas taxas de mortalidade hospitalar que seguiram a disseminação do Gamma em 14 capitais estaduais , durante o qual normalmente mais da metade dos pacientes hospitalizados com 70 anos ou mais morreram. Mostramos que esses choques extensos nas taxas de mortalidade hospitalar por COVID-19 também existiam antes da detecção de Gamma. Usando um modelo de taxa de mortalidade bayesiana, descobrimos que as flutuações geográficas e temporais nas taxas de mortalidade hospitalar do COVID-19 no Brasil estavam principalmente associadas a desigualdades geográficas e escassez na capacidade de assistência médica. Estimamos que aproximadamente metade das mortes por COVID-19 em hospitais nas 14 cidades poderiam ter sido evitadas sem desigualdades geográficas pré-pandemia e sem pressão de saúde pandêmica. Nossos resultados sugerem que investimentos em recursos de saúde, otimização de saúde e preparação para pandemias são fundamentais para minimizar a mortalidade e morbidade em toda a população causadas por patógenos altamente transmissíveis e mortais, como SARS-CoV-2, especialmente em países de baixa e média renda.
14 Abril 2022
RT-PCR em tempo real para o complexo de encefalite equina venezuelana, vírus Madariaga e encefalite equina oriental: aplicação em diagnóstico clínico e vigilância de mosquitos, Preprint , Leia mais
Os vírus da encefalite por alfavírus incluem espécies do complexo da encefalite equina venezuelana (VEE), vírus Maradiaga (MADV) e vírus da encefalite equina oriental (EEEV). Eles persistem em ciclos silvestres-enzoóticos nas Américas e são transmitidos aos humanos por Culex spp. mosquitos. Surtos humanos e equinos são relatados esporadicamente em regiões endêmicas. A detecção de infecções do complexo VEE, MADV e EEEV na fase aguda é complicada por suas manifestações clínicas inespecíficas e pela falta de ferramentas de diagnóstico amplamente disponíveis. Os testes moleculares atuais carecem de características ideais de métricas de desempenho necessárias para testes de diagnóstico de rotina. Aqui nós projetamos dois RT-PCRs em tempo real para o complexo VEE e MADV/EEEV, que foram então avaliados testando um conjunto de amostras clínicas e de mosquito coletadas durante dois surtos de VEEV e MADV no Panamá. O complexo VEE e os rRT-PCRs MADV/EEEV fornecem detecção precisa ao mesmo tempo em que geram benefícios significativos em relação aos métodos moleculares atualmente disponíveis.
21 Março 2022
Dinâmica de transmissão hospitalar associada ao SARS-CoV-2 em São Paulo, Brasil: um estudo retrospectivo de vigilância genômica, Preprint, Leia mais
O Brasil relatou seu primeiro caso de SARS-CoV-2 em 26 de fevereiro de 2020 em um viajante internacional retornando a São Paulo, Brasil. Até 10 de junho de 2020, 3.898 profissionais de saúde (HCW) e pacientes do Hospital das Clínicas (HC) em São Paulo, o maior complexo hospitalar da América Latina, testaram positivo para RNA de SARS-CoV-2. Nosso objetivo foi fornecer informações sobre a transmissão do SARS-CoV-2 em profissionais de saúde e pacientes, e dentro e entre institutos de HC durante a fase inicial da epidemia no Brasil.
Analisamos dados epidemiológicos de casos confirmados de SARS-CoV-2 RT-PCR entre 13 de março e 10 de junho de 2020. Um total de 340 genomas de SARS-CoV-2 foram gerados de profissionais de saúde e pacientes de dois institutos de HC que não receberam pacientes com COVID-19 (institutos A e C) e um instituto recebendo exclusivamente pacientes com COVID-19 (instituto B). Agrupamentos de transmissão dentro e entre institutos foram identificados e a dinâmica de transmissão dentro do agrupamento foi avaliada usando análise de regressão logística e um conjunto de análises genéticas filogenéticas.
A incidência semanal de SARS-CoV-2 em profissionais de saúde foi maior em institutos que não receberam pacientes com COVID-19 e diminuiu 75%, 54%, 48% para institutos C, A, B, respectivamente, após a adoção do mascaramento universal. Encontramos um total de 86 infecções hospitalares no HC durante o período do estudo, 81 4% (n=70) no instituto C. Destes, 74,3% destes notificados após mascaramento universal obrigatório. O tamanho médio do cluster e a duração do cluster foram maiores em institutos não COVID. As sequências de institutos não COVID eram mais propensas a se agrupar do que as sequências do instituto B (razão de chances, OR = 4 17 e OR = 3 48, para institutos C e A). A proporção de eventos estimados de importação viral de fora do complexo do HC para os diferentes institutos do HC foi maior para o instituto B (83 64%) em comparação com o instituto A (67 85%) e C (57 70%). O suporte estatístico para a migração de vírus de institutos não COVID A e C para o instituto B foi forte (fator Bayes = 113 7 e 84 4, respectivamente).
A transmissão de SARS-CoV-2 associada ao hospital foi maior em institutos de saúde não COVID-19 em comparação com um instituto de saúde COVID-19 durante a primeira onda epidêmica em São Paulo, com nossos dados apoiando institutos de infecção por vírus não COVID-19 como uma fonte de infecção em um instituto COVID-19, sugerindo que a percepção de risco e a conformidade foi menor em institutos não COVID
03 Março 2022
Medindo os efeitos da interrupção relacionada ao COVID-19 na transmissão da dengue no sudeste da Ásia e na América Latina: um estudo de modelagem estatística, The Lancet Infectious Diseases, Leia mais
A pandemia do COVID-19 resultou em uma perturbação sem precedentes para a sociedade, que afeta indiretamente a dinâmica das doenças infecciosas. Nosso objetivo foi avaliar os efeitos da interrupção relacionada ao COVID-19 na dengue, uma grande ameaça aguda à saúde pública em expansão, no sudeste da Ásia e na América Latina. Reunimos dados sobre a incidência mensal de dengue dos relatórios semanais da OMS, dados climáticos do ERA5 e variáveis populacionais do WorldPop para 23 países entre janeiro de 2014 e dezembro de 2019 e ajustamos um modelo de regressão bayesiana para explicar e prever ciclos sazonais e plurianuais da dengue . Comparamos as previsões do modelo com os dados de dengue relatados de janeiro a dezembro de 2020 e avaliamos se os desvios da incidência projetada desde março de 2020 estão associados a medidas sociais e de saúde pública específicas (do banco de dados Oxford Coronavirus Government Response Tracer) ou comportamentos de movimento humano (como medido pelos relatórios de mobilidade do Google). Encontramos um declínio consistente e prolongado na incidência de dengue em muitas regiões endêmicas de dengue que começou em março de 2020 (2,28 milhões de casos em 2020 versus 4,08 milhões de casos em 2019; uma redução de 44,1%). Encontramos uma forte associação entre a interrupção relacionada ao COVID-19 (medida independentemente por medidas sociais e de saúde pública e comportamentos de movimento humano) e risco reduzido de dengue, mesmo depois de levar em consideração outros fatores de ciclos de dengue, incluindo imunidade climática e do hospedeiro (risco relativo 0·01–0·17, p<0·01). Medidas relacionadas ao fechamento de escolas e redução do tempo gasto em áreas não residenciais tiveram a evidência mais forte de associação com a redução do risco de dengue, mas a alta colinearidade entre as covariáveis tornou a atribuição específica desafiadora. No geral, estimamos que 0,72 milhão (IC 95% 0,12–1,47) menos casos de dengue ocorreram em 2020 potencialmente atribuíveis à interrupção relacionada ao COVID-19.
22 Fevereiro 2022
Dinâmica de anticorpos SARS-CoV-2 em doadores de sangue e epidemiologia da COVID-19 em oito capitais brasileiras, Preprint, Leia mais
Existem grandes diferenças na forma e tamanho das epidemias regionais de SARS-CoV-2 no Brasil. Aqui testamos amostras mensais de doação de sangue para anticorpos IgG de março de 2020 a março de 2021 em oito das cidades mais populosas do Brasil. Houve grande variação na taxa de ataque inferida ajustada para sororeversão entre as cidades, e a soroprevalência foi consistentemente menor em mulheres e doadores com mais de 55 anos. A taxa de mortalidade por infecção específica por idade diferiu entre as cidades e aumentou consistentemente com a idade. A taxa de internação por infecção (IHR) aumentou significativamente durante a segunda onda dominada por gama em Manaus, sugerindo aumento da morbidade do VOC Gamma em comparação com variantes anteriores circulando em Manaus. A maior penetrância da doença associada ao colapso do sistema de saúde aumentou o IFR geral por um fator mínimo de 2,91 (95% CrI 2,43–3,53). Esses resultados demonstram grande heterogeneidade na disseminação da epidemia e destacam a utilidade da sorovigilância de doadores de sangue para monitorar epidemias de SARS-CoV-2.
05 Fevereiro 2021
Reinfecção da variante Gama SARS-CoV-2 em doadores de sangue em Manaus, Brasil, BMC Infectious Diseases , Leia mais
A cidade de Manaus, norte do Brasil, foi atingida por uma segunda onda epidêmica de SARS-CoV-2, apesar das altas estimativas de soroprevalência, coincidindo com o surgimento da variante Gama (P.1). As reinfecções foram postuladas como uma explicação parcial para o segundo surto. No entanto, o cálculo preciso das taxas de reinfecção é difícil quando critérios rigorosos, como dois testes RT-PCR separados no tempo e / ou sequenciamento do genoma, são necessários. Para estimar a proporção de reinfecções causadas pela variante Gama durante a segunda onda em Manaus e a proteção conferida pela infecção anterior, analisamos uma coorte de doadores de sangue repetidos para identificar anticorpos anti-SARS-CoV-2 potenciadores como meio de inferir reinfecção.
A reinfecção devido ao Gamma é comum e pode desempenhar um papel significativo em epidemias onde o Gamma é prevalente, destacando as variantes de ameaça contínua que são motivo de preocupação, mesmo em locais anteriormente atingidos por epidemias substanciais.
7 Janeiro 2022
Mapping environmental suitability of Haemagogus and Sabethes spp. mosquitoes to understand sylvatic transmission risk of yellow fever virus in Brazil, PLoS Neglected Tropical Diseases, Leia mais
O vírus da febre amarela (YFV) é um arbovírus transmitido aos humanos por mosquitos e pode levar a doenças graves e morte. Surtos esporádicos recentes, juntamente com baixa cobertura de vacinação, destacaram a importância da vigilância de mosquitos para prevenir futuros surtos e potencial disseminação do vírus em áreas urbanas densas. No entanto, muito pouco se sabe sobre a distribuição espacial dos mosquitos conhecidos por transmitir YFV e os fatores que contribuem para sua adequação ambiental no Brasil. Compilamos um banco de dados de ocorrências de mosquitos vetores primários e secundários pertencentes às espécies Haemagogus e Sabethes coletados entre 1991-2019 e integramos esses dados com dados ambientais e de uso da terra para prever sua adequação espacial na resolução de 1x1km. Usando essas informações, identificamos regiões adequadas para sua coexistência. Sobrepusemos essas informações com densidade populacional humana e localizações de reservatórios hospedeiros de primatas não humanos para identificar áreas em risco de transmissão e transbordamento. Nosso estudo fornece ferramentas de mapeamento de alta resolução para auxiliar na vigilância de mosquitos e arbovírus, o que é especialmente útil em ambientes com poucos recursos.
29 Dezembro 2021
Epidemiologia de COVID-19 após o surgimento da variante gama SARS-CoV-2, Amazônia brasileira, 2020–2021, Doenças Infecciosas Emergentes – Despacho, Leia mais
A variante gama da síndrome respiratória aguda grave do coronavírus 2 (SARS-CoV-2) foi considerada como causadora da doença mais grave do que as variantes anteriores, especialmente em crianças. Pesquisas sorológicas sucessivas de IgG para SARS-CoV-2 na Amazônia brasileira mostraram que as taxas de ataque específicas à idade e as proporções de infecções sintomáticas por SARS-CoV-2 eram semelhantes antes e depois da emergência da variante Gama.
09 Dezembro 2021
Disparidades globais na vigilância genômica SARS-CoV-2, Preprint, Leia mais
O sequenciamento genômico fornece informações críticas para rastrear a evolução e disseminação do SARS-CoV-2, otimizar testes moleculares, tratamentos e vacinas e orientar as respostas de saúde pública. Para investigar a heterogeneidade espaço-temporal na vigilância genômica global do SARS-CoV-2, estimamos o impacto da intensidade do sequenciamento e dos tempos de resposta (TAT) na detecção de variantes em 167 países. A maioria dos países envia genomas> 21 dias após a coleta da amostra, e 77% dos países de baixa e média renda sequenciam <0,5% de seus casos. Descobrimos que o sequenciamento de pelo menos 0,5% dos casos, com um TAT <21 dias, poderia ser uma referência para os esforços de vigilância genômica do SARS-CoV-2. As desigualdades socioeconômicas impactam substancialmente nossa capacidade de detectar rapidamente as variantes do SARS-CoV-2 e minam a preparação global para uma pandemia.
09 Dezembro 2021
Acompanhe a propagação da Omicron com dados moleculares, Ciência, Leia mais
Em 26 de novembro, a nova variante Omicron foi designada uma variante preocupante (COV) da síndrome respiratória aguda grave do coronavírus 2 (SARS-CoV-2) (1). Os resultados do teste de reação em cadeia da polimerase rápida (PCR) podem melhorar as estimativas da prevalência de Omicron em todo o mundo. O ensaio de PCR Thermo Fisher TaqPath COVID-19 amplamente utilizado foi valioso no rastreamento da propagação do VOC (2) Alpha (B.1.1.7) porque uma deleção dos aminoácidos 69 e 70 no gene spike do Alpha (Δ69-70) produz um gene S ausente distinto (S–) apesar dos resultados de teste positivos. O Delta VOC não possui essa deleção e, portanto, é positivo para o gene S (S +) nos testes de PCR TaqPath (3). O Omicron VOC compartilha o pico de exclusão Δ69-70 com o Alpha, que caiu para níveis insignificantes em todo o mundo. Portanto, a frequência dos resultados S– pode ser usada como um proxy rápido para a frequência dos casos de Omicron, desde que a detecção inicial de circulação local tenha sido confirmada por sequenciamento
09 Dezembro 2021
Acompanhando o surgimento de disparidades na disseminação subnacional do COVID-19 no Brasil usando um aplicativo online para visualização de dados em tempo real: uma análise longitudinal , The Lancet Regional Health- Americas, Leia mais
O Brasil é um dos países mais afetados pela pandemia de COVID-19, com mais de 20 milhões de casos e 557.000 mortes notificados até agosto de 2021. A comparação de dados locais de COVID-19 em tempo real entre as áreas é essencial para compreender a transmissão, medindo os efeitos das intervenções e prever o curso da epidemia, mas geralmente são desafiadores devido aos diferentes tamanhos e estruturas populacionais. Descrevemos o desenvolvimento de um novo aplicativo para visualização em tempo real dos dados COVID-19 no Brasil em nível de município. No aplicativo CLIC-Brasil, atualizações diárias de dados de casos e óbitos são baixadas, padronizadas por idade e usadas para estimar o número de reprodução efetiva (Rt). Mostramos como tais plataformas podem realizar análises de regressão em tempo real para identificar fatores associados à taxa de propagação inicial e número de reprodução inicial. Também usamos métodos de sobrevivência para prever a probabilidade de ocorrência de um novo pico de incidência de COVID-19.
21 Septembro 2021
Compreendendo o impacto potencial de diferentes propriedades de medicamentos na transmissão e na carga de doença do SARS-CoV-2: uma análise de modelagem, Clinical Infectious Diseases, Leia mais
O impacto da pandemia COVID-19 na saúde pública motivou uma busca rápida por potenciais terapêuticos, com alguns sucessos importantes. No entanto, o impacto potencial de diferentes tratamentos e, conseqüentemente, as prioridades de pesquisa e aquisição não foram claras. Usando um modelo matemático de transmissão de SARS-CoV-2, doença COVID-19 e cuidados clínicos, exploramos o impacto na saúde pública de diferentes terapêuticas potenciais, sob uma gama de cenários variando capacidade de saúde, trajetórias epidêmicas; e eficácia do medicamento na ausência de cuidados de suporte. O impacto de medicamentos como a dexametasona (administrados aos mais gravemente enfermos no hospital e cujo benefício terapêutico deve depender da disponibilidade de cuidados de suporte, como oxigênio e ventilação mecânica) tende a ser limitado em locais onde a capacidade de saúde é mais baixa ou onde epidemias descontroladas resultam em hospitais sobrecarregados. Como tal, pode evitar 22% das mortes em países de alta renda, mas apenas 8% em países de baixa renda (assumindo R = 1,35). A terapêutica para diferentes populações de pacientes (aqueles que não estão no hospital, no início do curso da infecção) e os tipos de benefícios (redução da gravidade da doença ou infecciosidade, prevenção da hospitalização) podem ter benefícios muito maiores, particularmente em locais com poucos recursos enfrentando grandes epidemias. Os avanços no tratamento de COVID-19 até o momento se concentraram em pacientes hospitalizados e se basearam no pressuposto de acesso adequado a cuidados de suporte. A terapêutica administrada mais cedo no curso da infecção que reduz a necessidade de cuidados de saúde ou reduz a infecciosidade pode ter um impacto significativo, e a investigação sobre a sua eficácia e meios de distribuição deve ser uma prioridade.
20 Septembro 2021
Metagenômica viral rápida usando amplificação SMART-9N e sequenciamento de nanopore, Preprint, Leia mais
Os vírus emergentes e reemergentes são uma preocupação de saúde global. O sequenciamento do genoma como uma abordagem para monitorar os vírus circulantes é atualmente dificultado por métodos complexos e caros. O sequenciamento de nanoporos metagenômicos não direcionados pode fornecer informações genômicas para identificar patógenos, preparar ou até mesmo prevenir surtos.
SMART (mecanismo de troca na extremidade 5 ‘do modelo de RNA) é um método popular para RNA-Seq, mas a maioria dos métodos atuais depende da iniciação de oligo-dT para direcionar moléculas de mRNA poliadeniladas. Nós desenvolvemos duas abordagens SMART-Seq iniciadas aleatoriamente, ‘SMART-9N’, e uma versão compatível com os primers de PCR com código de barras disponíveis na Oxford Nanopore Technologies, ‘Rapid SMART-9N’, para a detecção, caracterização e sequenciamento do genoma completo de Vírus de RNA. Os métodos foram desenvolvidos usando isolados virais, amostras clínicas e comparados a um método baseado em amplicon padrão ouro. A partir de um isolado de vírus Zika, a abordagem SMART-9N recuperou 10kb do genoma de RNA de 10,8kb em uma única leitura de nanoporos. Também obtivemos cobertura completa do genoma em uma cobertura de alta profundidade usando o Rapid SMART-9N, que leva apenas 10 minutos e custa até 45% menos do que outros métodos. Descobrimos que os limites de detecção desses métodos são 6e00 unidades formadoras de foco (FFU) / mL com cobertura do genoma de 99,02% e 87,58% para SMART-9N e Rapid SMART-9N, respectivamente. Amostras de plasma do vírus da febre amarela e amostras de nasofaringe de SARS-CoV-2 previamente confirmadas por RT-qPCR com uma ampla faixa de valores de Ct foram selecionadas para validação. Ambos os métodos produziram maior cobertura do genoma quando comparados à abordagem de PCR multiplex e obtivemos a leitura única mais longa deste estudo (18,5 kb) com uma amostra clínica de SARS-CoV-2, 60% do genoma do vírus usando o método Rapid SMART-9N .
Este trabalho demonstra que SMART-9N e Rapid SMART-9N são alternativas sensíveis, de baixa entrada e de leitura longa para detecção de vírus de RNA e sequenciamento de genoma e Rapid SMART-9N melhora o custo, tempo e complexidade do trabalho de laboratório.
15 Septembro 2021
Dinâmica sem escala de Covid-19 em uma cidade brasileira, Preprint, Leia mais
Modelos matemáticos podem fornecer informações sobre o controle da pandemia de COVID-19, que continua sendo uma prioridade global. A dinâmica das doenças infecciosas de transmissão direta, como a COVID-19, costuma ser descrita por modelos compartimentais em que os indivíduos são classificados como suscetíveis, infectados e removidos. Esses modelos SIR normalmente assumem a transmissão homogênea da infecção, mesmo em grandes populações, uma simplificação que é conveniente, mas inconsistente com as observações. Aqui, usamos dados originais sobre a dinâmica do COVID-19 espalhado em uma cidade brasileira para investigar a estrutura da rede de transmissão. Descobrimos que a transmissão pode ser descrita por uma rede na qual cada indivíduo infeccioso tem um pequeno número de contatos suscetíveis, da ordem de 2-5, que é independente do tamanho total da população. Comparado com os modelos padrão de mistura homogênea, este processo de infecção fractal sem escala fornece uma descrição melhor da dinâmica do COVID-19 ao longo do tempo. Além disso, o processo de contato explica os aglomerados de doenças geograficamente localizados nesta cidade brasileira. Nosso modelo sem escala pode ajudar a refinar os critérios de distanciamento físico e social para mitigar de forma mais eficaz a disseminação do COVID-19. Propomos que a dinâmica livre de escala do COVID-19 pode ser um fenômeno amplamente difundido, um tópico para investigação futura.
10 Septembro 2021
Perfil demográfico alterado de internações durante a segunda onda do COVID-19 no Amazonas, Brasil, The Lancet Regional Health, Leia mais
Nos últimos meses de surgimento de variantes do SARS-CoV-2 com propriedades epidemiológicas alteradas, incluindo maior transmissibilidade e capacidade de escapar parcialmente da imunidade protetora contra infecção anterior. Essas variantes têm sido frequentemente associadas ao ressurgimento da transmissão de COVID-19 e mortalidade em locais onde foram estabelecidas. Investigações detalhadas sobre a epidemiologia das variantes preocupantes (VOC) são cruciais para o controle sustentado e de longo prazo do SARS-CoV-2. Apesar disso, os estudos epidemiológicos permanecem escassos, principalmente no que diz respeito aos desfechos clínicos e perfis de gravidade da doença associados à transmissão de COV.
31 Agosto 2021
Neotropical bat paramyxoviruses suggest a new genus and nephrotropism, Infection, Genetics and Evolution, Read more
Os paramixovírus têm uma ampla gama de hospedeiros e distribuição geográfica, incluindo patógenos humanos transmitidos por morcegos, como os vírus Nipah e Hendra. Neste estudo, combinamos sequenciamento de alto rendimento e abordagens moleculares para investigar a presença de paramixovírus em morcegos neotropicais (subordem Microchiroptera) no Brasil. Nós descobrimos e caracterizamos três novos paramixovírus nos tecidos renais de morcegos vampiros comuns aparentemente saudáveis (D. rotundus) e morcegos de cauda curta de Seba (C. perspicillata), que denominamos provisoriamente de vírus Kanhgág (KANV), vírus Boe (BOEV), e o vírus Guató (GUATV). Neste estudo, classificamos esses vírus como espécies putativas no gênero Macrojêvirus, um novo gênero proposto para a subfamília Orthoparamyxovirinae. Usando RT-PCR, detectamos esses vírus em 20,9% (9 de 43) dos morcegos testados, e o RNA viral foi detectado exclusivamente em tecidos renais. As tentativas de isolar o vírus infeccioso foram bem-sucedidas para KANV e GUATV. Nossos resultados expandem a diversidade viral, gama de hospedeiros e distribuição geográfica dos paramixovírus.
9 Julho 2021
Grupos de linhagem SARS-CoV-2 B.1.1.7 Infecção após vacinação com vacinas vetoradas e inativadas por adenovírus: um estudo de coorte, Viruses, Leia mais
Alguns estudos determinaram que a variante de preocupação (VOC) SARS-CoV-2 B.1.1.7 foi associada a um aumento da transmissibilidade, hospitalização e mortalidade. Este estudo teve como objetivo explorar os fatores associados à infecção por COV B.1.1.7 no contexto da vacinação com vacinas vetoradas e inativadas por adenovírus. Analisamos dados epidemiológicos, clínicos e laboratoriais de surtos simultâneos de COVID-19 em um convento (Surto A) e em uma unidade de cuidados de longa duração (Surto B) em indivíduos vacinados com uma única dose de ChAdOx1 ou duas doses da vacina CoronaVac , respectivamente. Primeiro, identificamos as linhagens virais associadas a esses surtos por sequenciamento do genoma. Em seguida, avaliamos a relação da carga viral, níveis específicos de anticorpos de imunoglobulina, anticorpos de neutralização, características do caso (idade, tipo de vacina e presença ou ausência de sintomas) e associações com o risco de desenvolver COVID-19.
9 Julho 2021
Níveis de neutralização da linhagem P.1 de SARS-CoV-2 por anticorpos produzidos após infecção natural e vacinação: um estudo imunológico, Lancet Microbe, Leia mais
Uma nova linhagem de SARS-CoV-2, chamada P.1 (20J/501Y.V3), foi recentemente detectada no Brasil. Dentre as mutações presentes na linhagem P.1, estão incluídas mudanças de aminoácidos no domínio de ligação ao receptor da proteína da espícula que são relatadas em outras variantes de preocupação, como a B.1.1.7 e a B.1.351. Esse estudo teve como objetivo investigar se isolados selvagens do novo variante P.1 podem escapar de anticorpos neutralizantes gerados por uma resposta imune policlonal. Nós conduzimos um estudo imunológico para determinar o efeito neutralizante de anticorpos contra isolados da linhagem P.1 e B de SARS-CoV-2, usando plasma de pacientes previamente infectados ou vacinados contra SARS-CoV-2. Dois espécimes da linhagem P.1 foram isolados de lavado de nasofaringe e aspirado brônquico-alveolar de pacientes de Manaus, Brasil. A neutralização do vírus P.1 foi mensurada após incubação com plasma de 21 doadores de sangue na fase de convalescência de COVID-19 e um total de 53 pessoas que receberam a vacina quimicamente inativada CoronaVac. Foram incluídas amostras de plasma de 18 indivíduos que receberam uma única dose e 38 indivíduos que receberam as duas doses da vacina, todos coletados entre 17 e 38 dias após imunização. Também foram incluídas amostras de plasma de 15 indivíduos que receberam duas doses da vacina entre 134-260 dias antes da coleta. Os resultados de neutralização para P.1 foram comparados com os resultados obtidos para um isolado da linhagem B, que circulou no começo da pandemia no Brasil, analisando a mediana do título neutralizante viral (VNT50– definido como o valor de diluição da amostra que conferiu 50% de proteção contra a presença de efeito citopático).
21 Junho 2021
O Brasil precisa de uma abordagem coordenada e cooperativa para enfrentar o COVID-19 , Nature Medicine, Leia mais
Depois de mais de 14 meses sob cerco, os brasileiros continuam sofrendo ao ver milhares de pessoas morrendo todos os dias, mortas pelo patógeno respiratório de ação rápida SARS-CoV-2. As famílias estão lutando para garantir seu sustento, acabar com a fome e, em alguns casos, se ajustar ao tributo de longo prazo de terem sobrevivido à infecção pelo SARS-CoV-2. Com o aumento de casos, superlotação de hospitais e alta letalidade, quem está na linha de frente entende que o Brasil está em guerra com a COVID-19. O ataque foi brutal1. Um quarto de todas as mortes por COVID-19 no Brasil foram registradas oficialmente em abril de 2021. Enquanto isso, uma variante preocupante do SARS-CoV-2, a linhagem P.1 (B.1.1.28.1), continua a ser detectada em um aumento da proporção de infecções, com base no pequeno número de genomas sequenciados em todo o país. Este Comentário discute os muitos fatores que explicam por que o número de vítimas da pandemia no Brasil foi tão extraordinário, incluindo sua estreita conectividade de transporte com os mercados mundiais, as marcadas vulnerabilidades socioeconômicas de suas muitas populações e as persistentes desigualdades.
17 Junho 2021
Vigilância da febre hemorrágica e / ou doença neuroinvasiva: desafios do diagnóstico, Rev. Saúde Pública, Leia mais
Avaliar o desempenho da análise laboratorial post mortem na identificação das causas da febre hemorrágica e / ou doença neuroinvasiva em óbitos por infecção por arbovírus. Estudo transversal retrospectivo baseado na análise diferencial e desfecho final obtido em pacientes cujas amostras foram submetidas a exames laboratoriais para arbovírus no Centro de Patologia do Instituto Adolfo Lutz, em São Paulo, Brasil. Dos 1.355 adultos com diagnóstico clínico de febre hemorrágica e / ou doença neuroinvasiva, a causa de morte mais comumente atribuída e o desfecho final mais comum foi a dengue. Quase metade das amostras apresentou resultado negativo em todos os testes de laboratório realizados. A não identificação do agente causador em grande número de casos evidencia uma lacuna no diagnóstico de óbitos de etiologia desconhecida. Avaliações imunohistoquímicas e moleculares adicionais precisam ser adicionadas ao protocolo post-mortem se todas as avaliações laboratoriais realizadas falharem em identificar um agente causador. Embora parte de nossas descobertas possa ser devido a problemas técnicos relacionados à fixação da amostra, uma melhor disponibilidade de informações ao fazer o diagnóstico inicial é crucial. Incluir abordagens moleculares pode levar a um avanço significativo na precisão do diagnóstico.
01 Junho 2021
Epidemiologia e evolução do vírus Zika em Minas Gerais, Sudeste do Brasil, Infection, Genetics and Evolution, Leia mais
A transmissão autóctone do Zika vírus (ZIKV) no Brasil foi identificada pela primeira vez em abril de 2015 no Brasil, com os primeiros casos de microcefalia associada ao ZIKV detectados em outubro de 2015. Apesar dos esforços para compreender a transmissão do ZIKV no Brasil, pouco se sabe sobre a epidemiologia do vírus e a diversidade genética em Minas Gerais (MG), o segundo estado mais populoso do país. Nós relatamos achados moleculares e genômicos do principal laboratório de saúde pública em MG. Até janeiro de 2020, 26.817 infecções suspeitas de ZIKV e 86 casos de síndrome congênita foram notificados no estado de MG. Testamos 8.552 casos suspeitos de ZIKV e microcefalia. Dez genomas foram gerados no local diretamente a partir de amostras clínicas. Foram detectados 1723 casos confirmados em Minas Gerais, com duas ondas epidêmicas principais; a primeira e maior onda epidêmica atingiu o pico em março de 2016, com a segunda onda menor que atingiu o pico em março de 2017. A análise do relógio molecular datado revelou que múltiplas introduções ocorreram em Minas Gerais entre 2014 e 2015, sugerindo que o vírus estava circulando despercebido por pelo menos 16 meses antes do primeiro caso laboratorial confirmado que identificamos retrospectivamente em dezembro de 2015. Nossos resultados destacam a importância de estratégias de vigilância genômica contínuas combinadas com epidemiologia tradicional para auxiliar os laboratórios de saúde pública no monitoramento e compreensão da diversidade de arbovírus circulantes, o que pode ajudar a atenuar o público impacto das doenças infecciosas na saúde.
4 Junho 2021
Epidemiologia genômica de linhagens de transmissão SARS-CoV-2 no Equador, Virus Evolution Leia mais
A caracterização da diversidade genética do SARS-CoV-2 através do espaço e do tempo pode revelar tendências na importação de vírus e na circulação doméstica, e permitir a exploração de questões relacionadas à dinâmica da transmissão inicial. Aqui, apresentamos uma descrição detalhada da epidemiologia genômica da SARS-CoV-2 no Equador, um dos países mais afetados durante os estágios iniciais da pandemia COVID-19. Geramos e analisamos 160 sequências genômicas inteiras amostradas de todas as províncias do Equador em 2020. O relógio molecular e a análise filogeográfica dessas sequências no contexto da diversidade global de SARS-CoV-2 nos permitem identificar e caracterizar linhagens de transmissão individuais no Equador, explorar seus distribuições espaço-temporais, e considere sua introdução e circulação doméstica. Nossos resultados revelam um padrão de múltiplas importações internacionais em todo o país, com diferenças aparentes entre as principais províncias. As linhagens de transmissão foram introduzidas principalmente antes da implementação das intervenções não farmacêuticas (INP), com diferentes graus de persistência e disseminação nacional.
26 Maio 2021
Propagação epidêmica da linhagem B.1.1.7 SARS-CoV-2 no Brasil, Viruses, Leia mais
O surgimento de diversas linhagens que abrigam mutações com significado funcional e transmissibilidade potencialmente aumentada impõe uma maior dificuldade na contenção da pandemia de SARS-CoV-2. No Brasil, seis dessas linhagens cocirculam, uma originária do Reino Unido (B.1.1.7), uma originária da África do Sul (B.1.351) e quatro que surgiram em diferentes regiões do país, P.1 (Manaus), P.2 (Rio de Janeiro), N.9 (São Paulo) e N.10 (Maranhão). Embora existam relatórios sobre a disseminação de algumas dessas linhagens para outras regiões brasileiras, um único relatório sobre dois casos da linhagem B.1.1.7 em São Paulo foi publicado, e a extensão de sua disseminação geográfica é atualmente desconhecida. Portanto, realizamos um estudo de epidemiologia genômica com o objetivo de caracterizar a disseminação dessa linhagem em um contexto nacional.
12 Maio 2021
Reinfecção pela variante SARS-CoV-2 P.1 em doadores de sangue em Manaus, Brasil, Preprint, Leia Mais
A cidade de Manaus, norte do Brasil, foi atingida por uma grave epidemia de SARS-Cov-2 em março de 2020, atingindo uma soroprevalência de 76% em outubro de 2020. No entanto, no final de novembro um aumento abrupto de hospitalizações e mortes atingiu Manaus, causando maior número de mortes em relação à primeira onda epidêmica. Foi hipotetizado que as linhagens de vírus que circulam na segunda onda, ou seja, a variante P.1 de preocupação detectada pela primeira vez no início de dezembro em Manaus, poderiam ser melhores em escapar da imunidade gerada em resposta à infecção anterior com outras linhagens.
Para estimar a taxa de reinfecção durante o ressurgimento do SARS-CoV-2 em Manaus, testamos amostras seriadas de 238 doadores de sangue repetidos não vacinados usando um ensaio de micropartículas de quimioluminescência anti-N IgG SARS-CoV-2. Os doadores de sangue foram divididos em seis grupos que refletiram a sequência inferida de infecção e reinfecção com variantes não P.1 e P.1. Presumimos que as reinfecções induzem uma recrudescência (ou “reforço”) dos níveis de anticorpos anti-N IgG no plasma, produzindo uma série temporal em forma de V dos níveis de reatividade do anticorpo.
Inferimos que 16,9% (IC 95% [9,48%, 28,5%]) de todas as infecções P.1 presumidas que foram observadas em 2021 foram reinfecções. Se também incluirmos casos de reinfecções prováveis ou possíveis (definido considerando o período de tempo em que se espera que os níveis de anticorpos cresçam após a recuperação e a faixa de meia-vida para anticorpos diminuindo após a soroconversão), essas porcentagens aumentam respectivamente para 25,8% (95 % CI [16,7%, 37,4%]) e 31,0% (95% CI [21,4%, 42,5%]). Nossos dados sugerem que a reinfecção por P.1 é comum e mais frequente do que o que foi detectado pela vigilância epidemiológica, molecular e genômica tradicional de casos clínicos.
7 Maio 2021
Multiplex qPCR discrimina variantes de interesse para melhorar a vigilância global de SARS-CoV-2, PLoS Biology, Leia mais
Com o surgimento de variantes da Síndrome Respiratória Aguda Grave do Coronavírus 2 (SARS-CoV-2) que podem aumentar a transmissibilidade e / ou causar escape das respostas imunológicas, há uma necessidade urgente de vigilância direcionada das linhagens circulantes. Foi descoberto que a variante B.1.1.7 (também 501Y.V1), detectada pela primeira vez no Reino Unido, poderia ser detectada acidentalmente pelo ensaio de PCR Thermo Fisher TaqPath COVID-19 devido a uma deleção chave nesses vírus, pico Δ69– 70, causaria um resultado de “falha do gene de pico” (SGTF). No entanto, um resultado SGTF não é definitivo para B.1.1.7, e este ensaio não pode detectar outras variantes de preocupação (VOC) que não tenham o pico Δ69-70, como B.1.351 (também 501Y.V2), detectado na África do Sul , e P.1 (também 501Y.V3), detectado recentemente no Brasil. Identificamos uma deleção no gene ORF1a (ORF1a Δ3675-3677) em todas as 3 variantes, que ainda não foi amplamente detectada em outras linhagens SARS-CoV-2. Usando ORF1a Δ3675-3677 como o alvo primário e pico Δ69-70 para diferenciar, nós projetamos e validamos um ensaio de PCR de código aberto para detectar SARS-CoV-2 VOC. Nosso ensaio pode ser rapidamente implantado em laboratórios em todo o mundo para melhorar a vigilância para a emergência local e disseminação de B.1.1.7, B.1.351 e P.1.
06 Maio 2021
Epidemias de interação na Amazônia Brasil: infecção prévia por dengue associada a risco aumentado de COVID-19 em um estudo de coorte de base populacional, Clinical Infectious Diseases, Leia mais
Infecção por dengue antes serologicamente comprovada está associado ao aumento do risco de subsequente clinicamente aparente COVID-19 em Amazonians, o que implica que a dengue sequencial e COVID-19 epidemias pode impor uma carga extra de doença para as comunidades afectadas no mundo tropicais e subtropicais.
29 Abril 2021
Maior risco de morte por COVID-19 em grupos de baixa renda e não brancos de São Paulo, Brasil, BMJ Global Health, Leia mais
Existem poucas evidências sobre os efeitos diferenciais do COVID-19 sobre a saúde em grupos populacionais desfavorecidos. Aqui, caracterizamos o risco diferencial de hospitalização e morte no estado de São Paulo, Brasil, e mostramos como a vulnerabilidade ao COVID-19 é moldada por desigualdades socioeconômicas.
25 Abril 2021
Coronavírus das cidades às florestas: mapeando interfaces vulneráveis e pontos de acesso para o spillover de SARS-CoV-2 de humanos para a biodiversidade, The Lancet Planetary Health, Leia mais
Com a disseminação contínua do SARS-CoV-2 globalmente, a probabilidade de interações entre humanos infectados e a vida selvagem tende a crescer intensamente, assim como a probabilidade de transbordamento viral dos humanos para a biodiversidade. Este aspecto é de grande preocupação para a conservação da vida selvagem e saúde humana, pois a lista de grupos de animais altamente suscetíveis que contraíram SARS-CoV-2 (morcegos, mustelídeos e primatas) é grande e, uma vez infectados, esses grupos podem atuar como vetores e reservatórios, tornando-se um substrato para mutações e recombinações virais e aumentando o risco de novas cepas emergentes, que podem retornar aos humanos como novas doenças. Pouco se sabe sobre os fatores indutores que o coronavírus transborda de uma espécie para outra, mas pode-se argumentar que as zonas de interface entre a fauna selvagem e os humanos, que são fronteiras estreitas entre antrópicas (cidades, estradas, parques, locais de ecoturismo e fronteiras agrícolas) e habitat silvestre, são zonas de maior interação entre humanos e animais selvagens e, portanto, têm uma probabilidade maior de eventos de transbordamento viral do que outras áreas. Em um contexto semelhante, a compressão do habitat pela fragmentação da floresta também aproxima espécies e seres infectados, reduzindo suas áreas de vida e intensificando o risco de transbordamento entre as populações selvagens. Portanto, com base na premissa da zoonose – quanto maior a interação humano-animal, maior o risco de transbordamento viral – buscamos identificar as áreas de maior e menor índice de transbordamento viral no Brasil.
25 Abril 2021
Conectividade da paisagem para febre amarela: uma abordagem proxy para detectar deslocamento e circulação através de corredores e interfaces ambientais, The Lancet Public Health, Leia Mais
A febre amarela é uma doença hemorrágica arboviral transmitida por mosquitos nas regiões tropicais da África e América do Sul. A OMS estima que haja 200.000 casos graves e 30.000 mortes em todo o mundo anualmente. No Brasil, o ciclo selvagem da febre amarela (também denominado ciclo urbano) ocorre por transmissão entre primatas não humanos com mosquitos infectados dos gêneros Haemagogus e Sabethes como intermediários. A análise sorológica de primatas falecidos é o principal método de monitoramento; no entanto, em muitos casos, esses primatas morrem em zonas remotas, dificultando o monitoramento geográfico das ocorrências de febre amarela. Mesmo assim, as autoridades de vigilância zoonótica observaram padrões geográficos na circulação da febre amarela, especialmente associados à conectividade ecológica entre fragmentos florestais com determinados tamanhos e características. No entanto, vários corredores de deslocamento potencial conectando pontos geográficos com casos positivos permanecem desconhecidos. Inesperadamente, outras rotas aparentemente favoráveis à circulação de primatas parecem agir como uma barreira para a febre amarela contra o deslocamento. A determinação das características paisagísticas e ecológicas que atuam sobre a circulação desse primata (e viral) é fundamental para a previsão e mapeamento dos corredores de deslocamento e zonas suscetíveis, favorecendo a tomada de decisão no planejamento de ações preventivas e pró-ativas de combate à febre amarela.
19 Abril 2021
Virus infecioso em amostras respiratórias de trabalhadores de saúde re-infectados com SARS-CoV-2 no Brazil, 2020, Emerging Infectious Diseases, Leia mais
Neste estudo, descrevemos 4 casos de reinfeção de SARS-CoV-2 por linhagens não classificadas como não variantes de preocupação (VOCs, variant of concers) em profissionais de saúde em Campinas, São Paulo, Brasil. Também, isolamos vírus infecioso nas secreções nasofaríngeas durante as duas infeções. Portanto, melhoramento e contínua aplicação das medidas de seguranças são necessárias para mitigar o risco de reinfeção entre os profissionais de saúde.
15 Abril 2021
Genômica e epidemiologia de uma nova linhagem SARS-CoV-2 em Manaus, Brasil Science, Leia mais
Casos de infecção por SARS-CoV-2 em Manaus, Brasil, ressurgiram no final de 2020, apesar dos altos níveis de infecção anterior lá. Por meio do sequenciamento do genoma de vírus amostrados em Manaus entre novembro de 2020 e janeiro de 2021, identificamos o surgimento e a circulação de uma nova variante do SARS-CoV-2, a linhagem P.1, que adquiriu 17 mutações, incluindo um trio na proteína spike (K417T, E484K e N501Y) associado ao aumento da ligação ao receptor ACE2 humano. A análise do relógio molecular mostra que a emergência P.1 ocorreu por volta do início de novembro de 2020 e foi precedida por um período de evolução molecular mais rápida. Usando um modelo dinâmico de duas categorias que integra dados genômicos e de mortalidade, estimamos que P.1 pode ser 1,4-2,2 vezes mais transmissível e 25-61% mais probabilidade de escapar da imunidade protetora induzida por infecção anterior com linhagens não-P.1 . A vigilância genômica global aprimorada de variantes preocupantes, que podem exibir maior transmissibilidade e / ou evasão imunológica, é crítica para acelerar a resposta à pandemia.
8 Abril 2021
Aumento da frequência das linhagens SARS-CoV-2 B.1.1.7, P.1 e P.2 e identificação de uma nova linhagem que abriga as mutações de pico E484Q e N501T em Minas Gerais, Sudeste do Brasil, Virological.org, Leia mais
Nós relatamos os resultados preliminares de uma investigação em andamento da diversidade genômica do SARS-CoV-2 na região metropolitana de Belo Horizonte (RMBH), Minas Gerais, Brasil. Nós sequenciamos e caracterizamos 85 sequências quase completas do genoma SARS-CoV-2 de amostras randomizadas coletadas entre 28 de outubro de 2020 e 15 de março de 2021. A análise filogenética revela a co-circulação de duas variantes preocupantes (VOC), B.1.1.7 (n = 3, 3,53%) e P.1 (n = 30, 35,29%), e variante de interesse (VOI) P.2 (n = 41, 48,23%). Essas variantes abrigam mutações E484K (P.1 e P.2) e N501Y (P.1 e B.1.1.7) que estão associadas a maior transmissibilidade ou escape imune. A mutação N501Y também foi associada a um aumento nas hospitalizações e mortes por COVID-19. Notavelmente, descobrimos que entre 28 de fevereiro e 15 de março, 68% dos casos foram causados pela linhagem P.1 na RMBH. Além disso, relatamos um grupo de duas sequências caracterizadas por uma matriz única de 18 mutações, incluindo novas alterações não sinônimas nas mesmas posições de aminoácidos de pico crítico, E484Q e N501T. Esta linhagem parece ter emergido de forma independente do B.1.1.28 amplamente difundido nacionalmente, como relatado anteriormente para P.1 e P.2, e se soma à composição de um cenário epidemiológico complexo da pandemia de SARS-CoV-2 no Brasil .
6 Abril 2021
Reinfecção SARS-CoV-2 causada pela linhagem P.1 na cidade de Araraquara, Estado de São Paulo, Brasil, Rev. Inst. Med. Trop. S. Paulo, Leia mais
A reinfecção pelo coronavírus da síndrome respiratória aguda grave do tipo 2 (SARS-COV-2) foi relatada em muitos países, sugerindo que o vírus pode continuar a circular entre humanos, apesar da possibilidade de imunidade de rebanho local devido a infecções anteriores massivas. O surgimento de variantes de preocupação (COV) que são mais transmissíveis do que as anteriores em circulação levantou preocupações particulares sobre a eficácia das vacinas e as taxas de reinfecção. A linhagem P.1 foi identificada pela primeira vez em dezembro de 2020 na cidade de Manaus e agora está espalhada globalmente. Relatamos o primeiro caso de reinfecção do SARS-CoV-2 causada pela variante P.1 fora de Manaus. O potencial dessas novas variantes para escapar naturalmente da imunidade induzida pela vacina destaca a necessidade de uma vigilância global.
4 Março 2021
Conjunto de dados sobre intervenções não farmacêuticas SARS-CoV-2 em municípios Brasileiros, Scientific Data, Leia mais
O Brasil tem uma das epidemias de COVID-19 de crescimento mais rápido em todo o mundo. As intervenções não farmacêuticas (INP) têm sido adotadas no nível municipal, com ações assíncronas realizadas em 5.568 municípios e no Distrito Federal. Este artigo sistematiza as informações fragmentadas sobre relatórios de INP em um novo conjunto de dados com respostas da pesquisa de 4.027 prefeitos, cobrindo 72,3% de todos os municípios do país. Este conjunto de dados responde à urgência de rastrear e compartilhar descobertas sobre políticas fragmentadas durante a pandemia COVID-19. Quantificar NPIs pode ajudar a avaliar o papel das intervenções na redução da transmissão. Oferecemos detalhes espaciais e temporais para uma série de medidas destinadas a implementar o distanciamento social e as datas em que essas medidas foram relaxadas pelos governos locais.
4 Fevereiro 2021
Rastreando a propagação internacional das linhagens SARS-CoV-2 B.1.1.7 e B.1.351 / 501Y-V2, Virological.org, Leia mais
Linhagens preocupantes sendo rastreadas porque têm mutações de interesse e evidências de disseminação internacional: https://cov-lineages.org/global_report.html
O GRINCH inclui relatórios diários sobre o genoma e dados de relatórios associados a casos causados pelas linhagens B.1.1.7, B.1.351 e P.1 de preocupação em todo o mundo.
27 Janeiro 2021
Ressurgimento do COVID-19 em Manaus, Brasil, apesar da alta soroprevalência – Comentário publicado em The Lancet Leia mais
Nosso comentário mais recente sobre o ressurgimento do COVID-19 em Manaus, Brasil, apesar da alta soroprevalência, foi publicado em The Lancet. Depois de inicialmente conter a síndrome respiratória aguda grave coronavírus 2 (SARS-CoV-2), muitos países europeus e asiáticos tiveram um ressurgimento de COVID-19 consistente com uma grande proporção da população permanecendo suscetível ao vírus após a primeira onda epidêmica. Por outro lado, em Manaus, Brasil, um estudo de doadores de sangue indicou que 76% (IC 95% 67–98) da população havia sido infectada com SARS-CoV-2 em outubro de 2020.
26 Janeiro 2021
Transmissão local da linhagem SARS-CoV-2 B.1.1.7, Brasil, dezembro de 2020, Emerging Infectious Diseases, Leia mais
Em dezembro de 2020, a vigilância da pesquisa detectou a linhagem B.1.1.7 da síndrome respiratória aguda grave coronavírus 2 em São Paulo, Brasil. O sequenciamento genômico rápido e a análise filogenética revelaram 2 introduções distintas da linhagem. Um paciente relatou nenhuma viagem internacional. Pode haver mais infecções por esta linhagem no Brasil do que relatado.
25 Janeiro 2021
Aumentando a frequência da linhagem P.1 em Manaus Leia mais
Fornecemos um breve relatório acompanhando nosso post anterior. Aqui, compartilhamos uma tabela de frequência por data de coleta para um total de 142 sequências do genoma SARS-CoV-2 de Manaus, incluindo 115 sequências parciais, quase completas e completas do genoma SARS-CoV-2 geradas por nossa equipe a partir de amostras coletadas em Dezembro de 2020 (n = 67, datas de coleta entre 15 de dezembro de 2020 e 31 de dezembro de 2020) e janeiro de 2021 (n = 48, datas de coleta entre 1 de janeiro de 2021 e 9 de janeiro de 2021). Seqüências quase completas e completas foram classificadas com pangolim; sequências parciais foram digitadas usando análise filogenética de máxima verossimilhança com um conjunto de dados interno de sequências P.1, P.2 e B.1.1.28 quase completas ou completas. Leia mais
21 Janeiro 2021
Dinâmica de transmissão precoce, propagação e caracterização genômica do SARS-CoV-2 no Panamá, publicado em Doenças Infecciosas Emergentes. Leia mais
Reportamos uma análise epidemiológica de 4.210 casos de síndrome respiratória aguda grave por infecção com coronavírus 2 e análise genética de 313 novos genomas de vírus quase completos no Panamá entre 9 de março a 16 de abril de 2020. Embora as medidas de contenção tenham reduzido o R0 e o Rt, não interromperam a propagação do vírus no país.
12 Janeiro 2021
Características clínicas e história natural dos primeiros 2073 casos suspeitos de COVID-19 no programa de atenção primária “Corona São Caetano”: um estudo de coorte prospectivo, publicado em BMJ Open Leia mais
12 Janeiro 2021
Caracterização genômica de uma linhagem emergente de SARS-CoV-2 em Manaus: resultados preliminares Leia mais (English only)
Detectamos uma nova variante de SARS-CoV-2 circulando em dezembro em Manaus, Amazonas, norte do Brasil, onde altas taxas de transmissão haviam sido estimadas previamente. Esta nova linhagem, denominada P.1 (originada da linhagem B.1.1.28), contém um conjunto único de mutações que a definem, incluindo várias mutações de importância biológica conhecida, como E484K, K417T e N501Y. Ressaltamos, que a linhagem P.1 foi identificada em 42% (13 de 31) das amostras positivas para RT-PCR coletadas entre 15 a 23 de dezembro. Porém, estas amostras não haviam sido incluídas entre as 26 amostras publicamente disponíveis de vigilância genomica que foram coletadas em Manaus entre março a novembro de 2020. Esses achados indicam transmissão local e possivelmente o recente aumento na frequência de uma nova linhagem circulante na região amazônica. A maior diversidade e as datas de amostragem anteriores de P.1. em Manaus são corroborados com a informação de casos de viajantes recentemente descritos no Japão, sugerindo que a nova cepa foi importada de Manaus. O recente surgimento de variantes com múltiplas mutações na região da proteína Spike levanta a preocupação sobre a evolução convergente para um novo fenótipo, potencialmente associado a um aumento na transmissibilidade, ou propensão para reinfecção de indivíduos.
31 Dezembro 2020
Primeira detecção da linhagem SARS-CoV-2 VOC (B.1.1.7) no Brasil Read more here (English only)
Relatamos os dois primeiros casos causados pela linhagem SARS-CoV-2 B.1.1.7 (VOC) no Brasil. Os resultados vieram em menos de 36 horas após a coleta da amostra. As amostras foram imediatamente analisadas usando um sequenciador de DNA portátil como parte das atividades de vigilância genômica do projeto CADDE Brasil-Reino Unido. O sequenciamento e a análise filogenética confirmam duas introduções distintas da linhagem de VOC no Brasil, possivelmente oriunda do Reino Unido. Um dos casos relatou não ter viajado para fora do Brasil. Dada a maior transmissibilidade do VOC em comparação com as linhagens não VOC, o aumento da vigilância genômica é urgentemente necessária para investigar a extensão da circulação do VOC no país.
8 Dezembro 2020
Taxa de ataque de três quartos do SARS-CoV-2 na Amazônia brasileira durante uma epidemia amplamente não mitigada , publicado em Science Leia mais
O SARS-CoV-2 se espalhou rapidamente na Amazônia brasileira e a taxa de ataque há uma estimativa do tamanho final de uma epidemia amplamente não mitigada. Utilizamos uma amostra de conveniência de doadores de sangue para mostrar que até junho, um mês após o pico epidêmico em Manaus, capital do estado do Amazonas, 44% da população apresentava anticorpos IgG detectáveis. Corrigindo os casos sem uma resposta detectável de anticorpos e diminuindo os anticorpos, estimamos uma taxa de ataque de 66% em junho, aumentando para 76% em outubro. É maior do que em São Paulo, no sudeste do Brasil, onde a taxa de ataque estimada em outubro é de 29%. Esses resultados confirmam que, quando mal controlado, COVID-19 pode infectar uma grande fração da população causando alta mortalidade.
03 Novembro 2020
Um fluxo de trabalho filodinâmico para obter rapidamente insights sobre a história de dispersão e dinâmica das linhagens SARS-CoV-2 , publicado em Biologia Molecular e Evolução Leia mais
Desde o início da pandemia de COVID-19, um número sem precedentes de sequências genômicas de SARS-CoV-2 foi gerado e compartilhado com a comunidade científica. O volume incomparável de dados genéticos disponíveis apresenta uma oportunidade única de obter informações em tempo real sobre a transmissão do vírus durante a pandemia, mas também um obstáculo computacional assustador se analisado com abordagens filogeográficas padrão ouro. Para lidar com essa limitação prática, aqui descrevemos e aplicamos um pipeline analítico rápido para analisar a história de dispersão espaço-temporal e a dinâmica das linhagens SARS-CoV-2. Como uma prova de conceito, focamos na epidemia belga, que teve uma das maiores densidades espaciais de genomas SARS-CoV-2 disponíveis. Nosso pipeline tem potencial para ser rapidamente aplicado a outros países ou regiões, com benefícios importantes na complementação de análises epidemiológicas na avaliação do impacto de medidas de intervenção ou sua facilitação progressiva.
4 Septembro 2020
Evolução e epidemia disseminação do SARS-CoV-2 no Brasil , publicado em Science, Leia mais
Devido aos dados limitados disponíveis, as avaliações do impacto das intervenções não farmacêuticas (NPIs) sobre a propagação do vírus permanecem desafiadoras. Usando um modelo de transmissão baseado em mobilidade, mostramos que NPIs reduziram o número de reprodução de & gt; 3 para 1 para 1,6 em São Paulo e no Rio de Janeiro. Sequenciamento de 427 novos genomas e análise de um conjunto de dados genômicos geograficamente representativos identificou & gt; 100 introduções internacionais de vírus no Brasil. Estimamos que a maioria (76%) das cepas brasileiras caiu em três clados que foram introduzidos da Europa entre 22 de fevereiro e 11 de março de 2020. Durante a fase inicial da epidemia, descobrimos que o SARS-CoV-2 se espalhou principalmente localmente e dentro das fronteiras estaduais . Após esse período, apesar da queda acentuada nas viagens aéreas, estimamos exportações múltiplas de grandes centros urbanos que coincidiram com um aumento de 25% nas distâncias médias percorridas em voos nacionais. Este estudo lança uma nova luz sobre a transmissão epidêmica e as trajetórias evolutivas das linhagens SARS-CoV-2 no Brasil e fornece evidências de que as intervenções atuais ainda são insuficientes para manter a transmissão do vírus sob controle no país.
24 Agosto 2020
Análise subnacional da epidemia de COVID-19 no Brasil, Preprint, Leia mais
O Brasil atualmente registra o segundo maior número de mortes por COVID-19 no mundo. Aqui, caracterizamos a dinâmica inicial do COVID-19 em todo o país e avaliamos o impacto das intervenções não farmacêuticas (INP) que foram implementadas usando uma abordagem de modelagem hierárquica Bayesiana semi-mecanicista. Nossos resultados destacam o impacto significativo que esses NPIs tiveram entre os estados, reduzindo um Rt médio> 3 para uma média de 1,5 em 9 de maio de 2020, mas que essas intervenções não conseguiram reduzir Rt <1, congruente com o agravamento da epidemia que o Brasil experimentou desde então . Identificamos grande heterogeneidade na trajetória epidêmica em todo o Brasil, com o número de dias estimado a atingir 0,1% da população do estado infectada desde o primeiro caso registrado nacionalmente variando de 20 dias em São Paulo a 60 dias em Goiás, ressaltando a importância da análises subnacionais na compreensão de epidemias assíncronas em nível estadual subjacentes à disseminação nacional e à carga de COVID-19.
7 Agosto 2020
Resultado fatal do vírus chikungunya infecção no Brasil , publicado em Clinical Infectious Diseases Leia mais
Uma investigação retrospectiva foi realizada para descrever características clínicas, epidemiológicas e genômicas do vírus associadas às mortes causadas pelo CHIKV no estado do Ceará, nordeste do Brasil. Amostras de soro, líquido cefalorraquidiano (LCR) e tecido de 100 casos fatais com suspeita de infecção por arbovírus foram testadas para CHIKV, dengue (DENV) e Zika vírus (ZIKV). 68 casos fatais tiveram infecção por CHIKV confirmada por RT-qPCR (52,9%), antígeno viral (41,1%) e / ou IgM específico (63,2%). A codetecção de CHIKV com DENV foi encontrada em 22% dos casos fatais, ZIKV em 2,9% e DENV e ZIKV em 1,5%. Um total de 39 mortes por CHIKV apresentadas com sinais e sintomas neurológicos e ARN do CHIKV foi encontrado no LCR de 92,3% desses pacientes. Desfechos fatais foram associados à síndrome irreversível de disfunção de múltiplos órgãos. Pacientes com diabetes parecem morrer com maior freqüência durante a fase subaguda. A análise genética mostrou a circulação de duas linhagens de CHIKV-Centro-Leste da África do Sul (ECSA) no Ceará e não revelou nenhuma mutação genômica viral única associada a desfecho fatal.
31 Julho 2020
Características epidemiológicas e clínicas da epidemia de COVID-19 no Brasil , Nature Human Behavior, Leia mais
O primeiro caso de COVID-19 foi detectado no Brasil em 25 de fevereiro de 2020. Relatamos e contextualizamos os achados epidemiológicos, demográficos e clínicos para casos de COVID-19 durante os primeiros 3 meses do epidemia. Em 31 de maio de 2020, 514.200 casos de COVID-19, incluindo 29.314 mortes, foram notificados em 75,3% (4.196 de 5.570) dos municípios em todas as cinco regiões administrativas do Brasil. O valor R 0 para o Brasil foi estimado em 3,1 (intervalo de credibilidade bayesiana de 95% = 2,4-5,5), com uma mediana mais alta, mas intervalos credíveis sobrepostos em comparação com alguns outros gravemente afetados países. Foi identificada uma associação positiva entre maior renda per capita e diagnóstico de COVID-19. Além disso, os casos de infecção respiratória aguda grave de etiologia desconhecida foram associados a uma renda per capita mais baixa. A co-circulação de seis vírus respiratórios foi detectada, mas em níveis muito baixos. Esses achados fornecem uma descrição abrangente da epidemia de COVID-19 em andamento no Brasil e podem ajudar a orientar medidas subsequentes para controlar a transmissão do vírus.
10 Julho 2020
Interfaces para transmissão de spillover para coronavírus , publicado em Estudos Avancados, Leia mais
A atual trajetória de desenvolvimento humano gera impactos ambientais deletérios, que impactam negativamente a saúde; entre eles, a transmissão intensificada de doenças infecciosas, epidemias e pandemias, como a covid-19. A maneira como geralmente lidamos com a biodiversidade e os ecossistemas, combinada com os efeitos das mudanças climáticas, cria interfaces e caminhos que favorecem a diversificação, o transbordamento e a circulação de vírus. Dessa forma, o Sars-CoV-2 pode invadir os biomas brasileiros, transformando, por exemplo, a floresta amazônica em um imenso reservatório de onde o coronavírus pode voltar ainda mais agressivo à saúde.
25 Julho 2020
Distribuição de intervalo serial da infecção por SARS-CoV-2 no Brasil , Journal Travel Medicine, Leia mais
As avaliações atuais da dinâmica de transmissão do SARS-CoV-2 contam com estimativas precisas dos principais parâmetros epidemiológicos, incluindo o intervalo serial, que pode ser definido como o tempo entre o início dos sintomas na fonte e o início dos sintomas no receptor. Estimamos o intervalo serial de SARS-CoV-2 de 65 pares de infectados-infectados do Brasil. O intervalo serial médio em nossos dados foi estimado em 3 (desvio padrão = 3,29) dias.
30 Maio 2020
Evidência genômica de vírus da febre amarela em Aedes scapularis no sudeste do Brasil, 2016 , Acta Tropica Leia mais
A região sudeste do Brasil experimentou recentemente o maior surto de febre amarela em décadas. Desde julho de 2016, eventos epizoóticos foram relatados na região norte do estado de São Paulo, onde 787 Culicidae foram capturados como parte dos esforços de vigilância em saúde pública e testados por PCR quantitativo em tempo real. Um pool de Aedes scapularis coletado em novembro de 2016 em uma área agrícola na cidade de Urupês testou positivo para YFV-RNA. Usando uma abordagem de PCR multiplex validada, fomos capazes de recuperar uma sequência completa do genoma do vírus desse pool. A análise filogenética da nova cepa e dados disponíveis publicamente indicam que ela pertence ao clado do genótipo 1 da América do Sul que circula no estado de São Paulo e é basal ao clado de surto recente no sudeste do Brasil. Nossas descobertas destacam a necessidade de estudos adicionais, incluindo estudos de competência vetorial, para desvendar o papel do Aedes scapularis na transmissão da febre amarela nas Américas.
11 Maio 2020
Importação e transmissão local antecipada de COVID-19 no Brasil, 2020 , Revista Instituto Medicina Tropical, Leia mais
Realizamos o sequenciamento do genoma e análise das primeiras infecções confirmadas por COVID-19 no Brasil. O sequenciamento rápido, juntamente com análises filogenéticas no contexto da história de viagens, corroboram as múltiplas importações independentes da Itália e a disseminação local durante o estágio inicial da transmissão COVID-19 no Brasil. Nosso estudo fornece um instantâneo do estabelecimento inicial da pandemia COVID-19 no Brasil, caracterizada por múltiplas introduções independentes da Itália, seguidas pela transmissão local do vírus em São Paulo. As análises filogenéticas são amplamente consistentes com os históricos de viagens auto-relatados dos pacientes. Mostramos que os dois genomas associados à transmissão local estão ligados a um paciente infectado na Itália e são idênticos a outros genomas italianos coletados na mesma janela de tempo. Dada a taxa de mudança evolutiva dentro do surto estimada para o SARS-CoV-2, alertamos contra a inferência da direção da transmissão com base apenas nos dados genéticos. Essas inferências podem ainda ser ofuscadas por amostragem incompleta devido a atrasos, refletindo a falta de acesso equitativo ao diagnóstico e sequenciamento genômico.
15 Março 2020
Rotas para importação de COVID-19 no Brasil , Journal Travel Medicine, Leia mais
Para melhor compreender o potencial de introduções de SARS-CoV-2 no Brasil, estimamos o risco relativo da introdução de COVID-19 em cidades brasileiras levando em consideração a incidência de SARS-CoV-2 por viajante internacional que chega a um aeroporto no Brasil. Estimamos que 54,8% de todos os casos importados seriam de viajantes infectados na Itália e 9,3% e 8,3% dos casos seriam de viajantes infectados na China e na França, respectivamente. A rota Itália – São Paulo foi estimada em 24,9% do total de viajantes infectados que voaram para o Brasil neste período. Além disso, estimamos que a Itália tenha sido o local de origem para cinco das dez principais rotas de importação de viajantes infectados para o Brasil com base no cenário epidemiológico atual. Consistente com isso, pelo menos 48% ( n = 14/29) dos casos importados notificados no Brasil têm um histórico de viagens para a Itália antes do início dos sintomas, a partir de 9 de março de 2020. Seis (23,1%) dos casos confirmados que adquiriram o vírus na Itália foram identificados em São Paulo.
28 Fevereiro 2020
Primeiros casos de doença coronavírus (COVID-19) no Brasil , Virológico, Leia mais
Apresentamos um breve relato e análise filogenética dos casos confirmados de COVID-2 no Brasil. Dos 488 casos suspeitos , dois até agora tiveram resultado positivo para COVID-19. Esses dois casos viajaram para o norte da Itália. Descrições clínicas e epidemiológicas detalhadas para pacientes suspeitos e confirmados, inclusive para os dois pacientes aqui relatados, estão disponíveis em Rede Nacional de Alerta e Resposta a Emergências de Saúde Pública do Ministério da Saúde do Brasil. Relatório completo disponível em Virological.org .
7 Agosto 2020
Vigilância genômica das ondas epidêmicas do vírus da febre amarela em São Paulo, Brasil, 2016-2018, PLoS Pathogens, Leia mais
Desde julho de 2016, o sudeste do Brasil experimentou o maior surto de vírus da febre amarela (YFV) em décadas. Usando nossos protocolos de sequenciamento portáteis validados , geramos 46 novos genomas YFV completos e investigamos a distribuição geográfica e temporal dos casos observados em primatas não humanos no estado de São Paulo. Descobrimos que a maioria dos casos em São Paulo resulta de uma única introdução de Minas Gerais que se espalhou a uma taxa de 1 km por dia, consistente com um cenário de disseminação contínua em comunidades de primatas não humanos e vetor silvestre em manchas florestais, com transbordamento ocasional às populações humanas não vacinadas.
18 Novembro 2019
Identificação precoce da substituição da linhagem do vírus da dengue no Brasil usando vigilância genômica portátil , relatório preliminar em Virological.org , publicado em Mem Inst Oswaldo Cruz Leia mais
Este estudo usa protocolos validados de sequenciamento portátil para gerar rapidamente os primeiros dados do genoma do vírus 20 casos ocorridos em Araraquara e São José do Rio Preto, estado de São Paulo, Brasil. Descobrimos que o surto de dengue de 2019 no Brasil nesta região é causado por um genótipo III do sorotipo 2 do DENV recém-introduzido (asiático / americano) que está substituindo linhagens de DENV2 que circulavam anteriormente.
14 Fevereiro 2020
A dinâmica evolutiva do vírus Oropouche na América do Sul , Journal of Virology, Leia mais
A bacia amazônica é hospedeira de vários patógenos virais transmitidos por artrópodes que causam doenças febris em humanos. Entre eles, o Oropouche orthobunyavirus (OROV) é um membro relativamente pouco estudado dos Peribunyavirales, que causa surtos periódicos em populações humanas no Brasil e em outros países sul-americanos. Nossos resultados mostram que diferentes processos evolutivos nos três segmentos que englobam o genoma viral de OROV levam a taxas evolutivas variáveis e datas de divergência que podem ser explicadas pelo rearranjo críptico. Também apresentamos a descoberta de sítios de glicosilação ligados a N putativos anteriormente não observados e códons que evoluem sob seleção positiva nas proteínas da superfície viral, e discutimos o papel potencial dessas características na evolução do vírus por meio de uma abordagem filogenética e estrutural combinada.
31 Janeiro 2020
Infecções pelo vírus Sabia em casos suspeitos de febre amarela em São Paulo, Brasil Relatório Preliminar Leia mais
Fornecemos um breve relatório sobre dois casos de vírus Sabia detectados em São Paulo, Brasil, em dezembro de 2019. Usamos o novo protocolo metagenômico do CADDE e projetar novos primers e sondas diagnósticas de PCR que possam abranger uma diversidade maior de cepas de SABV no Brasil. Um relatório preliminar sobre nossos resultados pode ser encontrado aqui .
18 Fevereiro 2020
Genômica e Vigilância epidemiológica do vírus Zika na região amazônica , Cell Reports, Leia mais
O vírus Zika (ZIKV) causou uma epidemia explosiva associada a graves resultados clínicos nas Américas. Em junho de 2018, 4.929 suspeitas de infecção por ZIKV e 46 casos de síndrome congênita foram notificados em Manaus, Amazonas, Brasil. Embora Manaus seja um importante pólo demográfico na região amazônica, pouco se sabe sobre a epidemia de ZIKV ali, tanto em termos de transmissão quanto de diversidade genética viral. Usando o sequenciamento do genoma do vírus portátil, geramos 59 genomas do ZIKV em Manaus. Análises filogenéticas indicaram múltiplas introduções de ZIKV do nordeste do Brasil para Manaus. A análise genômica espacial do movimento do vírus entre seis áreas em Manaus sugeriu que os bairros populosos do norte atuaram como fontes de transmissão do vírus para outros bairros. Nosso estudo revelou como a epidemia de ZIKV foi deflagrada e mantida na maior metrópole urbana da Amazônia. Esses resultados podem contribuir para melhorar a resposta da saúde pública aos surtos no Brasil.
