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    12 January 2021

    Caracterização genômica de uma linhagem emergente de SARS-CoV-2 em Manaus: resultados preliminares Leia mais (English only)

    Detectamos uma nova variante de SARS-CoV-2 circulando em dezembro em Manaus, Amazonas, norte do Brasil, onde estimadas previamente altas taxas de transmissão. Esta nova linhagem, denominada P.1 (originada da linhagem B.1.1.28), contém um conjunto único de mutações que definem esta linhagem, incluindo várias mutações de importância biológica conhecida, como E484K, K417T e N501Y. Ressaltamos, que a linhagem P.1 foi identificada em 42% (13 de 31) das amostras positivas para RT-PCR coletadas entre 15 a 23 de dezembro. Porém, estas amostras não haviam sido incluídas entre as 26 amostras de vigilância do genoma disponíveis publicamente coletadas em Manaus entre março a novembro de 2020. Esses achados indicam transmissão local e possivelmente aumento recente na frequência de uma nova linhagem circulante na região amazônica.  A maior diversidade e as datas de amostragem anteriores de P.1. em Manaus são corroborados com a informação de casos de viajantes recentemente descritos no Japão, sugerindo que a nova cepa foi importada de Manaus.  O recente surgimento de variantes com múltiplas mutações na região da proteína Spike levanta a preocupação sobre a evolução convergente para um novo fenótipo, potencialmente associado a um aumento na transmissibilidade, ou propensão para reinfecção de indivíduos.

    12 January 2021

    Características clínicas e história natural dos primeiros 2073 casos suspeitos de COVID-19 no programa de atenção primária Corona São Caetano: um estudo de coorte prospectivo, publicado em BMJ Open Leia mais

    O programa Corona São Caetano é uma iniciativa de atenção básica que atende todos os residentes suspeitos de COVID-19 em São Caetano do Sul, São Paulo, Brasil. Este programa propõe-se a coletar dados clínicos padronizados de casos suspeitos de COVID-19 entre os residentes do município de São Caetano do Sul. Após a triagem de casos potencialmente graves, os pacientes se apresentaram a uma plataforma de triagem entre 13 de abril e 13 de maio de 2020. Os casos suspeitos foram testados em casa com RT-PCR específica para SARS-CoV-2. Em seguida, os pacientes positivos foram acompanhados por 14 dias com ligações telefônicas a cada 2 dias. Os pacientes com resultado negativo na RT-PCR, foram submetidos a testes sorológicos adicionais para SARS-CoV-2. Assim, neste estudo, descrevemos as características clínicas, virológicas e de história natural desta coorte prospectiva de base populacional. Dos 2.073 casos suspeitos de COVID-19, 1.583 (76,4%) foram testados por RT-PCR, dos quais 444 (28,0%, IC 95% 25,9 a 30,3) foram positivos; 604/1136 (53%) pacientes RT-PCR-negativos foram submetidos a sorologia, dos quais 52 (8,6%) foram  positivos para SARS-CoV-2. Os sintomas mais comuns de COVID-19 reportados foram tosse, fadiga, mialgia e dor de cabeça; enquanto que febre auto-referida (OR 3,0, IC 95% 2,4 a 3,9), anosmia (OR 3,3, IC 95% 2,6 a 4,4) e ageusia (OR 2,9, IC 95% 2,3 a 3,8) foram fortemente associadas a diagnóstico positivo para SARS-CoV-2 por RT-PCR ou sorologia. Os valores de Ct (cycle thresholds) na RT-PCR foram menores em homens, pacientes mais velhos, aqueles com febre e artralgia e na fase inicial dos sintomas. As taxas de hospitalização e óbito entre 444 casos positivos para RT-PCR foram de 6,7% e 0,7%, respectivamente, sendo a idade avançada e a obesidade mais frequentes no grupo hospitalizado. A COVID-19 apresenta-se de forma semelhante a outras doenças respiratórias leves adquiridas na comunidade, mas a presença de febre, anosmia e ageusia podem auxiliar no diagnóstico específico. A maioria dos pacientes se recuperou sem hospitalização, e com uma baixa taxa de letalidade em comparação com outros estudos baseados em hospitais.

    31 Dezembro 2020

    Primeira detecção da linhagem SARS-CoV-2 VOC (B.1.1.7) no Brasil Read more here (English only)

    Relatamos os dois primeiros casos causados ​​pela linhagem SARS-CoV-2 B.1.1.7 (VOC) no Brasil. Os resultados vêm menos de 36 horas após a coleta da amostra. As amostras foram imediatamente analisadas usando um sequenciador de DNA portátil como parte das atividades de vigilância genômica do projeto CADDE Brasil-Reino Unido. O sequenciamento e a análise filogenética confirmam duas introduções distintas da linhagem de VOC no Brasil, possivelmente no Reino Unido. Um caso relatou nenhuma viagem para fora do Brasil. Dada a maior transmissibilidade do VOC em comparação com as linhagens não VOC, o aumento da vigilância genômica é urgentemente necessário para investigar a extensão da circulação do VOC no país.

    8 December 2020

    Taxa de ataque de três quartos do SARS-CoV-2 na Amazônia brasileira durante uma epidemia amplamente não mitigada , publicado em Science Leia mais

    O SARS-CoV-2 se espalhou rapidamente na Amazônia brasileira e a taxa de ataque há uma estimativa do tamanho final de uma epidemia amplamente não mitigada. Utilizamos uma amostra de conveniência de doadores de sangue para mostrar que até junho, um mês após o pico epidêmico em Manaus, capital do estado do Amazonas, 44% da população apresentava anticorpos IgG detectáveis. Corrigindo os casos sem uma resposta detectável de anticorpos e diminuindo os anticorpos, estimamos uma taxa de ataque de 66% em junho, aumentando para 76% em outubro. É maior do que em São Paulo, no sudeste do Brasil, onde a taxa de ataque estimada em outubro é de 29%. Esses resultados confirmam que, quando mal controlado, COVID-19 pode infectar uma grande fração da população causando alta mortalidade.

    03 November 2020

    Um fluxo de trabalho filodinâmico para obter rapidamente insights sobre a história de dispersão e dinâmica das linhagens SARS-CoV-2 , publicado em Biologia Molecular e Evolução Leia mais

    Desde o início da pandemia de COVID-19, um número sem precedentes de sequências genômicas de SARS-CoV-2 foi gerado e compartilhado com a comunidade científica. O volume incomparável de dados genéticos disponíveis apresenta uma oportunidade única de obter informações em tempo real sobre a transmissão do vírus durante a pandemia, mas também um obstáculo computacional assustador se analisado com abordagens filogeográficas padrão ouro. Para lidar com essa limitação prática, aqui descrevemos e aplicamos um pipeline analítico rápido para analisar a história de dispersão espaço-temporal e a dinâmica das linhagens SARS-CoV-2. Como uma prova de conceito, focamos na epidemia belga, que teve uma das maiores densidades espaciais de genomas SARS-CoV-2 disponíveis. Nosso pipeline tem potencial para ser rapidamente aplicado a outros países ou regiões, com benefícios importantes na complementação de análises epidemiológicas na avaliação do impacto de medidas de intervenção ou sua facilitação progressiva.

    4 September 2020

    Evolução e epidemia disseminação do SARS-CoV-2 no Brasil , publicado em Science, Leia mais

    Devido aos dados limitados disponíveis, as avaliações do impacto das intervenções não farmacêuticas (NPIs) sobre a propagação do vírus permanecem desafiadoras. Usando um modelo de transmissão baseado em mobilidade, mostramos que NPIs reduziram o número de reprodução de & gt; 3 para 1 para 1,6 em São Paulo e no Rio de Janeiro. Sequenciamento de 427 novos genomas e análise de um conjunto de dados genômicos geograficamente representativos identificou & gt; 100 introduções internacionais de vírus no Brasil. Estimamos que a maioria (76%) das cepas brasileiras caiu em três clados que foram introduzidos da Europa entre 22 de fevereiro e 11 de março de 2020. Durante a fase inicial da epidemia, descobrimos que o SARS-CoV-2 se espalhou principalmente localmente e dentro das fronteiras estaduais . Após esse período, apesar da queda acentuada nas viagens aéreas, estimamos exportações múltiplas de grandes centros urbanos que coincidiram com um aumento de 25% nas distâncias médias percorridas em voos nacionais. Este estudo lança uma nova luz sobre a transmissão epidêmica e as trajetórias evolutivas das linhagens SARS-CoV-2 no Brasil e fornece evidências de que as intervenções atuais ainda são insuficientes para manter a transmissão do vírus sob controle no país.

    7 August 2020

    Resultado fatal do vírus chikungunya infecção no Brasil , publicado em Clinical Infectious Diseases Leia mais 

    Uma investigação retrospectiva foi realizada para descrever características clínicas, epidemiológicas e genômicas do vírus associadas às mortes causadas pelo CHIKV no estado do Ceará, nordeste do Brasil. Amostras de soro, líquido cefalorraquidiano (LCR) e tecido de 100 casos fatais com suspeita de infecção por arbovírus foram testadas para CHIKV, dengue (DENV) e Zika vírus (ZIKV). 68 casos fatais tiveram infecção por CHIKV confirmada por RT-qPCR (52,9%), antígeno viral (41,1%) e / ou IgM específico (63,2%). A codetecção de CHIKV com DENV foi encontrada em 22% dos casos fatais, ZIKV em 2,9% e DENV e ZIKV em 1,5%. Um total de 39 mortes por CHIKV apresentadas com sinais e sintomas neurológicos e ARN do CHIKV foi encontrado no LCR de 92,3% desses pacientes. Desfechos fatais foram associados à síndrome irreversível de disfunção de múltiplos órgãos. Pacientes com diabetes parecem morrer com maior freqüência durante a fase subaguda. A análise genética mostrou a circulação de duas linhagens de CHIKV-Centro-Leste da África do Sul (ECSA) no Ceará e não revelou nenhuma mutação genômica viral única associada a desfecho fatal.

    31 July 2020

    Características epidemiológicas e clínicas da epidemia de COVID-19 no Brasil , Nature Human Behavior,  Leia mais

    O primeiro caso de COVID-19 foi detectado no Brasil em 25 de fevereiro de 2020. Relatamos e contextualizamos os achados epidemiológicos, demográficos e clínicos para casos de COVID-19 durante os primeiros 3 meses do epidemia. Em 31 de maio de 2020, 514.200 casos de COVID-19, incluindo 29.314 mortes, foram notificados em 75,3% (4.196 de 5.570) dos municípios em todas as cinco regiões administrativas do Brasil. O valor R 0 para o Brasil foi estimado em 3,1 (intervalo de credibilidade bayesiana de 95% = 2,4-5,5), com uma mediana mais alta, mas intervalos credíveis sobrepostos em comparação com alguns outros gravemente afetados países. Foi identificada uma associação positiva entre maior renda per capita e diagnóstico de COVID-19. Além disso, os casos de infecção respiratória aguda grave de etiologia desconhecida foram associados a uma renda per capita mais baixa. A co-circulação de seis vírus respiratórios foi detectada, mas em níveis muito baixos. Esses achados fornecem uma descrição abrangente da epidemia de COVID-19 em andamento no Brasil e podem ajudar a orientar medidas subsequentes para controlar a transmissão do vírus.

    10 July 2020

    Interfaces para transmissão de spillover para coronavírus , publicado em Estudos Avancados, Leia mais

    A atual trajetória de desenvolvimento humano gera impactos ambientais deletérios, que impactam negativamente a saúde; entre eles, a transmissão intensificada de doenças infecciosas, epidemias e pandemias, como a covid-19. A maneira como geralmente lidamos com a biodiversidade e os ecossistemas, combinada com os efeitos das mudanças climáticas, cria interfaces e caminhos que favorecem a diversificação, o transbordamento e a circulação de vírus. Dessa forma, o Sars-CoV-2 pode invadir os biomas brasileiros, transformando, por exemplo, a floresta amazônica em um imenso reservatório de onde o coronavírus pode voltar ainda mais agressivo à saúde.

    25 Jul 2020

    Distribuição de intervalo serial da infecção por SARS-CoV-2 no Brasil , Journal Travel Medicine, Leia mais

    As avaliações atuais da dinâmica de transmissão do SARS-CoV-2 contam com estimativas precisas dos principais parâmetros epidemiológicos, incluindo o intervalo serial, que pode ser definido como o tempo entre o início dos sintomas na fonte e o início dos sintomas no receptor. Estimamos o intervalo serial de SARS-CoV-2 de 65 pares de infectados-infectados do Brasil. O intervalo serial médio em nossos dados foi estimado em 3 (desvio padrão = 3,29) dias.

    30 May 2020

    Evidência genômica de vírus da febre amarela em Aedes scapularis no sudeste do Brasil, 2016 , Acta Tropica Leia mais

    A região sudeste do Brasil experimentou recentemente o maior surto de febre amarela em décadas. Desde julho de 2016, eventos epizoóticos foram relatados na região norte do estado de São Paulo, onde 787 Culicidae foram capturados como parte dos esforços de vigilância em saúde pública e testados por PCR quantitativo em tempo real. Um pool de Aedes scapularis coletado em novembro de 2016 em uma área agrícola na cidade de Urupês testou positivo para YFV-RNA. Usando uma abordagem de PCR multiplex validada, fomos capazes de recuperar uma sequência completa do genoma do vírus desse pool. A análise filogenética da nova cepa e dados disponíveis publicamente indicam que ela pertence ao clado do genótipo 1 da América do Sul que circula no estado de São Paulo e é basal ao clado de surto recente no sudeste do Brasil. Nossas descobertas destacam a necessidade de estudos adicionais, incluindo estudos de competência vetorial, para desvendar o papel do Aedes scapularis na transmissão da febre amarela nas Américas.

    11 May 2020

    Importação e transmissão local antecipada de COVID-19 no Brasil, 2020 , Revista Instituto Medicina Tropical, Leia mais

    Realizamos o sequenciamento do genoma e análise das primeiras infecções confirmadas por COVID-19 no Brasil. O sequenciamento rápido, juntamente com análises filogenéticas no contexto da história de viagens, corroboram as múltiplas importações independentes da Itália e a disseminação local durante o estágio inicial da transmissão COVID-19 no Brasil. Nosso estudo fornece um instantâneo do estabelecimento inicial da pandemia COVID-19 no Brasil, caracterizada por múltiplas introduções independentes da Itália, seguidas pela transmissão local do vírus em São Paulo. As análises filogenéticas são amplamente consistentes com os históricos de viagens auto-relatados dos pacientes. Mostramos que os dois genomas associados à transmissão local estão ligados a um paciente infectado na Itália e são idênticos a outros genomas italianos coletados na mesma janela de tempo. Dada a taxa de mudança evolutiva dentro do surto estimada para o SARS-CoV-2, alertamos contra a inferência da direção da transmissão com base apenas nos dados genéticos. Essas inferências podem ainda ser ofuscadas por amostragem incompleta devido a atrasos, refletindo a falta de acesso equitativo ao diagnóstico e sequenciamento genômico.

    15 March 2020

    Rotas para importação de COVID-19 no Brasil , Journal Travel Medicine, Leia mais

    Para melhor compreender o potencial de introduções de SARS-CoV-2 no Brasil, estimamos o risco relativo da introdução de COVID-19 em cidades brasileiras levando em consideração a incidência de SARS-CoV-2 por viajante internacional que chega a um aeroporto no Brasil. Estimamos que 54,8% de todos os casos importados seriam de viajantes infectados na Itália e 9,3% e 8,3% dos casos seriam de viajantes infectados na China e na França, respectivamente. A rota Itália – São Paulo foi estimada em 24,9% do total de viajantes infectados que voaram para o Brasil neste período. Além disso, estimamos que a Itália tenha sido o local de origem para cinco das dez principais rotas de importação de viajantes infectados para o Brasil com base no cenário epidemiológico atual. Consistente com isso, pelo menos 48% ( n = 14/29) dos casos importados notificados no Brasil têm um histórico de viagens para a Itália antes do início dos sintomas, a partir de 9 de março de 2020. Seis (23,1%) dos casos confirmados que adquiriram o vírus na Itália foram identificados em São Paulo.

    28 February 2020

    Primeiros casos de doença coronavírus (COVID-19) no Brasil , Virológico, Leia mais

    Apresentamos um breve relato e análise filogenética dos casos confirmados de COVID-2 no Brasil. Dos 488 casos suspeitos , dois até agora tiveram resultado positivo para COVID-19. Esses dois casos viajaram para o norte da Itália. Descrições clínicas e epidemiológicas detalhadas para pacientes suspeitos e confirmados, inclusive para os dois pacientes aqui relatados, estão disponíveis em Rede Nacional de Alerta e Resposta a Emergências de Saúde Pública do Ministério da Saúde do Brasil. Relatório completo disponível em Virological.org .

    7 August 2020

    Vigilância genômica das ondas epidêmicas do vírus da febre amarela em São Paulo, Brasil, 2016-2018, PLoS Pathogens, Leia mais

    Desde julho de 2016, o sudeste do Brasil experimentou o maior surto de vírus da febre amarela (YFV) em décadas. Usando nossos protocolos de sequenciamento portáteis validados , geramos 46 novos genomas YFV completos e investigamos a distribuição geográfica e temporal dos casos observados em primatas não humanos no estado de São Paulo. Descobrimos que a maioria dos casos em São Paulo resulta de uma única introdução de Minas Gerais que se espalhou a uma taxa de 1 km por dia, consistente com um cenário de disseminação contínua em comunidades de primatas não humanos e vetor silvestre em manchas florestais, com transbordamento ocasional às populações humanas não vacinadas.

    18 November 2019

    Identificação precoce da substituição da linhagem do vírus da dengue no Brasil usando vigilância genômica portátil , relatório preliminar em Virological.org , publicado em Mem Inst Oswaldo Cruz Leia mais

    Este estudo usa protocolos validados de sequenciamento portátil para gerar rapidamente os primeiros dados do genoma do vírus 20 casos ocorridos em Araraquara e São José do Rio Preto, estado de São Paulo, Brasil. Descobrimos que o surto de dengue de 2019 no Brasil nesta região é causado por um genótipo III do sorotipo 2 do DENV recém-introduzido (asiático / americano) que está substituindo linhagens de DENV2 que circulavam anteriormente.

    14 February 2020

    A dinâmica evolutiva do vírus Oropouche na América do Sul , Journal of Virology, Leia mais

    A bacia amazônica é hospedeira de vários patógenos virais transmitidos por artrópodes que causam doenças febris em humanos. Entre eles, o Oropouche orthobunyavirus (OROV) é um membro relativamente pouco estudado dos Peribunyavirales, que causa surtos periódicos em populações humanas no Brasil e em outros países sul-americanos. Nossos resultados mostram que diferentes processos evolutivos nos três segmentos que englobam o genoma viral de OROV levam a taxas evolutivas variáveis ​​e datas de divergência que podem ser explicadas pelo rearranjo críptico. Também apresentamos a descoberta de sítios de glicosilação ligados a N putativos anteriormente não observados e códons que evoluem sob seleção positiva nas proteínas da superfície viral, e discutimos o papel potencial dessas características na evolução do vírus por meio de uma abordagem filogenética e estrutural combinada.

    31 January 2020

    Infecções pelo vírus Sabia em casos suspeitos de febre amarela em São Paulo, Brasil Relatório Preliminar Leia mais

    Fornecemos um breve relatório sobre dois casos de vírus Sabia detectados em São Paulo, Brasil, em dezembro de 2019. Usamos o novo protocolo metagenômico do CADDE e projetar novos primers e sondas diagnósticas de PCR que possam abranger uma diversidade maior de cepas de SABV no Brasil. Um relatório preliminar sobre nossos resultados pode ser encontrado aqui .

    18 February 2020

    Genômica e Vigilância epidemiológica do vírus Zika na região amazônica , Cell Reports, Leia mais

    O vírus Zika (ZIKV) causou uma epidemia explosiva associada a graves resultados clínicos nas Américas. Em junho de 2018, 4.929 suspeitas de infecção por ZIKV e 46 casos de síndrome congênita foram notificados em Manaus, Amazonas, Brasil. Embora Manaus seja um importante pólo demográfico na região amazônica, pouco se sabe sobre a epidemia de ZIKV ali, tanto em termos de transmissão quanto de diversidade genética viral. Usando o sequenciamento do genoma do vírus portátil, geramos 59 genomas do ZIKV em Manaus. Análises filogenéticas indicaram múltiplas introduções de ZIKV do nordeste do Brasil para Manaus. A análise genômica espacial do movimento do vírus entre seis áreas em Manaus sugeriu que os bairros populosos do norte atuaram como fontes de transmissão do vírus para outros bairros. Nosso estudo revelou como a epidemia de ZIKV foi deflagrada e mantida na maior metrópole urbana da Amazônia. Esses resultados podem contribuir para melhorar a resposta da saúde pública aos surtos no Brasil.