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  • Publicações

    10 Septembro 2021

    Perfil demográfico alterado de internações durante a segunda onda do COVID-19 no Amazonas, Brasil, The Lancet Regional Health, Leia mais

    Nos últimos meses da emergência da SARS-CoV-2 variantes com propriedades alteradas epidemiológicos, incluindo o aumento da transmissibilidade e a capacidade para evadir parcialmente a imunidade de protecção contra a infecção anterior. Essas variantes têm sido frequentemente associadas ao ressurgimento da transmissão e mortalidade por COVID-19 em locais onde foram estabelecidas. Investigações detalhadas sobre a epidemiologia das variantes preocupantes (VOC) são cruciais para o controle sustentado e de longo prazo do SARS-CoV-2. Apesar disso, os estudos epidemiológicos permanecem escassos, particularmente no que diz respeito aos resultados clínicos e perfis de gravidade da doença associada à transmissão de COV.

    08 Septembro 2021

    Acompanhando o surgimento de disparidades na disseminação subnacional do COVID-19 no Brasil usando um aplicativo online para visualização de dados em tempo real: uma análise longitudinal, Pré-impressão, Leia mais

    O Brasil é um dos países mais afetados pela pandemia COVID-19, com mais de 20 milhões de casos e 557.000 mortes notificadas. A comparação de dados locais COVID-19 em tempo real entre as áreas é essencial para compreender a transmissão, medir os efeitos das intervenções e prever o curso da epidemia, mas costuma ser um desafio devido aos diferentes tamanhos e estruturas populacionais. Descrevemos o desenvolvimento de um novo aplicativo para visualização em tempo real dos dados COVID-19 no Brasil em nível de município. No aplicativo CLIC-Brasil, atualizações diárias de dados de casos e óbitos são baixadas, padronizadas por idade e usadas para estimar o número de reprodução (Rt). Mostramos como tais plataformas podem realizar análises de regressão em tempo real para identificar fatores associados à taxa de propagação inicial e número de reprodução inicial. Também usamos métodos de sobrevivência para prever a probabilidade de ocorrência de um novo pico de incidência de COVID-19. Após uma introdução inicial nos estados de São Paulo e Rio de Janeiro no início de março de 2020, a epidemia se espalhou para os estados do Norte e, em seguida, para regiões costeiras altamente populosas e Centro-Oeste. Municípios com métricas mais altas de desenvolvimento social experimentaram chegada mais cedo do COVID-19 (diminuição de 11,1 dias [IC 95%: 13,28,9] no tempo de chegada para cada aumento de 10% no índice de desenvolvimento social) . As diferenças na intensidade epidêmica inicial (Rt médio) foram em grande parte impulsionadas pela baixa geográfica

    31 Agosto 2021

    Paramixovírus de morcegos neotropicais sugerem um novo gênero e nefrotropismo, Infection, Genetics and Evolution, Leia mais

    Os paramixovírus têm uma ampla gama de hospedeiros e distribuição geográfica, incluindo patógenos humanos transmitidos por morcegos, como os vírus Nipah e Hendra. Neste estudo, combinamos sequenciamento de alto rendimento e abordagens moleculares para investigar a presença de paramixovírus em morcegos neotropicais (subordem Microchiroptera) no Brasil. Nós descobrimos e caracterizamos três novos paramixovírus nos tecidos renais de morcegos vampiros comuns aparentemente saudáveis ​​(D. rotundus) e morcegos de cauda curta de Seba (C. perspicillata), que denominamos provisoriamente de vírus Kanhgág (KANV), vírus Boe (BOEV), e o vírus Guató (GUATV). Neste estudo, classificamos esses vírus como espécies putativas no gênero Macrojêvirus, um novo gênero proposto para a subfamília Orthoparamyxovirinae. Usando RT-PCR, detectamos esses vírus em 20,9% (9 de 43) dos morcegos testados, e o RNA viral foi detectado exclusivamente em tecidos renais. As tentativas de isolar o vírus infeccioso foram bem-sucedidas para KANV e GUATV. Nossos resultados expandem a diversidade viral, gama de hospedeiros e distribuição geográfica dos paramixovírus.

    26 Agosto 2021

    Disparidades globais na vigilância genômica SARS-CoV-2, Preprint, Leia mais

    A pandemia de COVID-19 revelou a importância do sequenciamento do genoma do vírus para orientar as intervenções de saúde pública para controlar a transmissão do vírus e compreender a evolução do SARS-CoV-2. Em 20 de julho de 2021,> 2 milhões de genomas SARS-CoV-2 foram submetidos ao GISAID, 94% de países de alta renda e 6% de países de baixa e média renda. Aqui, analisamos a heterogeneidade espacial e temporal nos esforços de vigilância genômica global do SARS-CoV-2. Relatamos uma análise abrangente da diversidade de linhagens de vírus e estratégias de vigilância genômica adotadas globalmente e investigamos seu impacto na detecção de linhagens conhecidas de vírus SARS-CoV-2 e variantes preocupantes. Nosso estudo fornece uma perspectiva sobre as disparidades globais em torno da vigilância genômica do SARS-CoV-2, suas causas e consequências, e possíveis soluções para maximizar o impacto do sequenciamento do genoma do patógeno para esforços na saúde pública.

    24 Agosto 2021

    Análise subnacional da epidemia de COVID-19 no Brasil, Preprint, Leia mais

    O Brasil atualmente registra o segundo maior número de mortes por COVID-19 no mundo. Aqui, caracterizamos a dinâmica inicial do COVID-19 em todo o país e avaliamos o impacto das intervenções não farmacêuticas (INP) que foram implementadas usando uma abordagem de modelagem hierárquica Bayesiana semi-mecanicista. Nossos resultados destacam o impacto significativo que esses NPIs tiveram entre os estados, reduzindo um Rt médio> 3 para uma média de 1,5 em 9 de maio de 2020, mas que essas intervenções não conseguiram reduzir Rt <1, congruente com o agravamento da epidemia que o Brasil experimentou desde então . Identificamos grande heterogeneidade na trajetória epidêmica em todo o Brasil, com o número de dias estimado a atingir 0,1% da população do estado infectada desde o primeiro caso registrado nacionalmente variando de 20 dias em São Paulo a 60 dias em Goiás, ressaltando a importância da análises subnacionais na compreensão de epidemias assíncronas em nível estadual subjacentes à disseminação nacional e à carga de COVID-19.

    9 Julho 2021

    Grupos de linhagem SARS-CoV-2 B.1.1.7 Infecção após vacinação com vacinas vetoradas e inativadas por adenovírus: um estudo de coorte, Pré-impressão, Leia mais

    Alguns estudos determinaram que a variante de preocupação (VOC) SARS-CoV-2 B.1.1.7 foi associada a um aumento da transmissibilidade, hospitalização e mortalidade. Este estudo teve como objetivo explorar os fatores associados à infecção por COV B.1.1.7 no contexto da vacinação com vacinas vetoradas e inativadas por adenovírus. Analisamos dados epidemiológicos, clínicos e laboratoriais de surtos simultâneos de COVID-19 em um convento (Surto A) e em uma unidade de cuidados de longa duração (Surto B) em indivíduos vacinados com uma única dose de ChAdOx1 ou duas doses da vacina CoronaVac , respectivamente. Primeiro, identificamos as linhagens virais associadas a esses surtos por sequenciamento do genoma. Em seguida, avaliamos a relação da carga viral, níveis específicos de anticorpos de imunoglobulina, anticorpos de neutralização, características do caso (idade, tipo de vacina e presença ou ausência de sintomas) e associações com o risco de desenvolver COVID-19.

    9 Julho 2021

    Níveis de neutralização da linhagem P.1 de SARS-CoV-2 por anticorpos produzidos após infecção natural e vacinação: um estudo imunológico, Lancet Microbe, Leia mais

    Uma nova linhagem de SARS-CoV-2, chamada P.1 (20J/501Y.V3), foi recentemente detectada no Brasil. Dentre as mutações presentes na linhagem P.1, estão incluídas mudanças de aminoácidos no domínio de ligação ao receptor da proteína da espícula que são relatadas em outras variantes de preocupação, como a B.1.1.7 e a B.1.351. Esse estudo teve como objetivo investigar se isolados selvagens do novo variante P.1 podem escapar de anticorpos neutralizantes gerados por uma resposta imune policlonal. Nós conduzimos um estudo imunológico para determinar o efeito neutralizante de anticorpos contra isolados da linhagem P.1 e B de SARS-CoV-2, usando plasma de pacientes previamente infectados ou vacinados contra SARS-CoV-2. Dois espécimes da linhagem P.1 foram isolados de lavado de nasofaringe e aspirado brônquico-alveolar de pacientes de Manaus, Brasil. A neutralização do vírus P.1 foi mensurada após incubação com plasma de 21 doadores de sangue na fase de convalescência de COVID-19 e um total de 53 pessoas que receberam a vacina quimicamente inativada CoronaVac. Foram incluídas amostras de plasma de 18 indivíduos que receberam uma única dose e 38 indivíduos que receberam as duas doses da vacina, todos coletados entre 17 e 38 dias após imunização. Também foram incluídas amostras de plasma de 15 indivíduos que receberam duas doses da vacina entre 134-260 dias antes da coleta. Os resultados de neutralização para P.1 foram comparados com os resultados obtidos para um isolado da linhagem B, que circulou no começo da pandemia no Brasil, analisando a mediana do título neutralizante viral (VNT50– definido como o valor de diluição da amostra que conferiu 50% de proteção contra a presença de efeito citopático).

    21 Junho 2021

    O Brasil precisa de uma abordagem coordenada e cooperativa para enfrentar o COVID-19 , Nature Medicine, Leia mais

    Depois de mais de 14 meses sob cerco, os brasileiros continuam sofrendo ao ver milhares de pessoas morrendo todos os dias, mortas pelo patógeno respiratório de ação rápida SARS-CoV-2. As famílias estão lutando para garantir seu sustento, acabar com a fome e, em alguns casos, se ajustar ao tributo de longo prazo de terem sobrevivido à infecção pelo SARS-CoV-2. Com o aumento de casos, superlotação de hospitais e alta letalidade, quem está na linha de frente entende que o Brasil está em guerra com a COVID-19. O ataque foi brutal1. Um quarto de todas as mortes por COVID-19 no Brasil foram registradas oficialmente em abril de 2021. Enquanto isso, uma variante preocupante do SARS-CoV-2, a linhagem P.1 (B.1.1.28.1), continua a ser detectada em um aumento da proporção de infecções, com base no pequeno número de genomas sequenciados em todo o país. Este Comentário discute os muitos fatores que explicam por que o número de vítimas da pandemia no Brasil foi tão extraordinário, incluindo sua estreita conectividade de transporte com os mercados mundiais, as marcadas vulnerabilidades socioeconômicas de suas muitas populações e as persistentes desigualdades.

    17 Junho 2021

    Vigilância da febre hemorrágica e / ou doença neuroinvasiva: desafios do diagnóstico, Rev. Saúde Pública, Leia mais

    Avaliar o desempenho da análise laboratorial post mortem na identificação das causas da febre hemorrágica e / ou doença neuroinvasiva em óbitos por infecção por arbovírus. Estudo transversal retrospectivo baseado na análise diferencial e desfecho final obtido em pacientes cujas amostras foram submetidas a exames laboratoriais para arbovírus no Centro de Patologia do Instituto Adolfo Lutz, em São Paulo, Brasil. Dos 1.355 adultos com diagnóstico clínico de febre hemorrágica e / ou doença neuroinvasiva, a causa de morte mais comumente atribuída e o desfecho final mais comum foi a dengue. Quase metade das amostras apresentou resultado negativo em todos os testes de laboratório realizados. A não identificação do agente causador em grande número de casos evidencia uma lacuna no diagnóstico de óbitos de etiologia desconhecida. Avaliações imunohistoquímicas e moleculares adicionais precisam ser adicionadas ao protocolo post-mortem se todas as avaliações laboratoriais realizadas falharem em identificar um agente causador. Embora parte de nossas descobertas possa ser devido a problemas técnicos relacionados à fixação da amostra, uma melhor disponibilidade de informações ao fazer o diagnóstico inicial é crucial. Incluir abordagens moleculares pode levar a um avanço significativo na precisão do diagnóstico.

    01 Junho 2021

    Epidemiologia e evolução do vírus Zika em Minas Gerais, Sudeste do Brasil, Infection, Genetics and Evolution, Leia mais

    A transmissão autóctone do Zika vírus (ZIKV) no Brasil foi identificada pela primeira vez em abril de 2015 no Brasil, com os primeiros casos de microcefalia associada ao ZIKV detectados em outubro de 2015. Apesar dos esforços para compreender a transmissão do ZIKV no Brasil, pouco se sabe sobre a epidemiologia do vírus e a diversidade genética em Minas Gerais (MG), o segundo estado mais populoso do país. Nós relatamos achados moleculares e genômicos do principal laboratório de saúde pública em MG. Até janeiro de 2020, 26.817 infecções suspeitas de ZIKV e 86 casos de síndrome congênita foram notificados no estado de MG. Testamos 8.552 casos suspeitos de ZIKV e microcefalia. Dez genomas foram gerados no local diretamente a partir de amostras clínicas. Foram detectados 1723 casos confirmados em Minas Gerais, com duas ondas epidêmicas principais; a primeira e maior onda epidêmica atingiu o pico em março de 2016, com a segunda onda menor que atingiu o pico em março de 2017. A análise do relógio molecular datado revelou que múltiplas introduções ocorreram em Minas Gerais entre 2014 e 2015, sugerindo que o vírus estava circulando despercebido por pelo menos 16 meses antes do primeiro caso laboratorial confirmado que identificamos retrospectivamente em dezembro de 2015. Nossos resultados destacam a importância de estratégias de vigilância genômica contínuas combinadas com epidemiologia tradicional para auxiliar os laboratórios de saúde pública no monitoramento e compreensão da diversidade de arbovírus circulantes, o que pode ajudar a atenuar o público impacto das doenças infecciosas na saúde.

    4 Junho 2021

    Epidemiologia genômica de linhagens de transmissão SARS-CoV-2 no Equador, Virus Evolution Leia mais

    A caracterização da diversidade genética do SARS-CoV-2 através do espaço e do tempo pode revelar tendências na importação de vírus e na circulação doméstica, e permitir a exploração de questões relacionadas à dinâmica da transmissão inicial. Aqui, apresentamos uma descrição detalhada da epidemiologia genômica da SARS-CoV-2 no Equador, um dos países mais afetados durante os estágios iniciais da pandemia COVID-19. Geramos e analisamos 160 sequências genômicas inteiras amostradas de todas as províncias do Equador em 2020. O relógio molecular e a análise filogeográfica dessas sequências no contexto da diversidade global de SARS-CoV-2 nos permitem identificar e caracterizar linhagens de transmissão individuais no Equador, explorar seus distribuições espaço-temporais, e considere sua introdução e circulação doméstica. Nossos resultados revelam um padrão de múltiplas importações internacionais em todo o país, com diferenças aparentes entre as principais províncias. As linhagens de transmissão foram introduzidas principalmente antes da implementação das intervenções não farmacêuticas (INP), com diferentes graus de persistência e disseminação nacional.

    26 Maio 2021

    Propagação epidêmica da linhagem B.1.1.7 SARS-CoV-2 no Brasil, Viruses, Leia mais

    O surgimento de diversas linhagens que abrigam mutações com significado funcional e transmissibilidade potencialmente aumentada impõe uma maior dificuldade na contenção da pandemia de SARS-CoV-2. No Brasil, seis dessas linhagens cocirculam, uma originária do Reino Unido (B.1.1.7), uma originária da África do Sul (B.1.351) e quatro que surgiram em diferentes regiões do país, P.1 (Manaus), P.2 (Rio de Janeiro), N.9 (São Paulo) e N.10 (Maranhão). Embora existam relatórios sobre a disseminação de algumas dessas linhagens para outras regiões brasileiras, um único relatório sobre dois casos da linhagem B.1.1.7 em São Paulo foi publicado, e a extensão de sua disseminação geográfica é atualmente desconhecida. Portanto, realizamos um estudo de epidemiologia genômica com o objetivo de caracterizar a disseminação dessa linhagem em um contexto nacional.

    12 Maio 2021

    Reinfecção pela variante SARS-CoV-2 P.1 em doadores de sangue em Manaus, Brasil, Preprint, Leia Mais

    A cidade de Manaus, norte do Brasil, foi atingida por uma grave epidemia de SARS-Cov-2 em março de 2020, atingindo uma soroprevalência de 76% em outubro de 2020. No entanto, no final de novembro um aumento abrupto de hospitalizações e mortes atingiu Manaus, causando maior número de mortes em relação à primeira onda epidêmica. Foi hipotetizado que as linhagens de vírus que circulam na segunda onda, ou seja, a variante P.1 de preocupação detectada pela primeira vez no início de dezembro em Manaus, poderiam ser melhores em escapar da imunidade gerada em resposta à infecção anterior com outras linhagens.

    Para estimar a taxa de reinfecção durante o ressurgimento do SARS-CoV-2 em Manaus, testamos amostras seriadas de 238 doadores de sangue repetidos não vacinados usando um ensaio de micropartículas de quimioluminescência anti-N IgG SARS-CoV-2. Os doadores de sangue foram divididos em seis grupos que refletiram a sequência inferida de infecção e reinfecção com variantes não P.1 e P.1. Presumimos que as reinfecções induzem uma recrudescência (ou “reforço”) dos níveis de anticorpos anti-N IgG no plasma, produzindo uma série temporal em forma de V dos níveis de reatividade do anticorpo.

    Inferimos que 16,9% (IC 95% [9,48%, 28,5%]) de todas as infecções P.1 presumidas que foram observadas em 2021 foram reinfecções. Se também incluirmos casos de reinfecções prováveis ​​ou possíveis (definido considerando o período de tempo em que se espera que os níveis de anticorpos cresçam após a recuperação e a faixa de meia-vida para anticorpos diminuindo após a soroconversão), essas porcentagens aumentam respectivamente para 25,8% (95 % CI [16,7%, 37,4%]) e 31,0% (95% CI [21,4%, 42,5%]). Nossos dados sugerem que a reinfecção por P.1 é comum e mais frequente do que o que foi detectado pela vigilância epidemiológica, molecular e genômica tradicional de casos clínicos.

    7 Maio 2021

    Multiplex qPCR discrimina variantes de interesse para melhorar a vigilância global de SARS-CoV-2, PLoS Biology, Leia mais

    Com o surgimento de variantes da Síndrome Respiratória Aguda Grave do Coronavírus 2 (SARS-CoV-2) que podem aumentar a transmissibilidade e / ou causar escape das respostas imunológicas, há uma necessidade urgente de vigilância direcionada das linhagens circulantes. Foi descoberto que a variante B.1.1.7 (também 501Y.V1), detectada pela primeira vez no Reino Unido, poderia ser detectada acidentalmente pelo ensaio de PCR Thermo Fisher TaqPath COVID-19 devido a uma deleção chave nesses vírus, pico Δ69– 70, causaria um resultado de “falha do gene de pico” (SGTF). No entanto, um resultado SGTF não é definitivo para B.1.1.7, e este ensaio não pode detectar outras variantes de preocupação (VOC) que não tenham o pico Δ69-70, como B.1.351 (também 501Y.V2), detectado na África do Sul , e P.1 (também 501Y.V3), detectado recentemente no Brasil. Identificamos uma deleção no gene ORF1a (ORF1a Δ3675-3677) em todas as 3 variantes, que ainda não foi amplamente detectada em outras linhagens SARS-CoV-2. Usando ORF1a Δ3675-3677 como o alvo primário e pico Δ69-70 para diferenciar, nós projetamos e validamos um ensaio de PCR de código aberto para detectar SARS-CoV-2 VOC. Nosso ensaio pode ser rapidamente implantado em laboratórios em todo o mundo para melhorar a vigilância para a emergência local e disseminação de B.1.1.7, B.1.351 e P.1.

    06 Maio 2021

    Epidemias de interação na Amazônia Brasil: infecção prévia por dengue associada a risco aumentado de COVID-19 em um estudo de coorte de base populacional, Clinical Infectious Diseases, Leia mais

    Infecção por dengue antes serologicamente comprovada está associado ao aumento do risco de subsequente clinicamente aparente COVID-19 em Amazonians, o que implica que a dengue sequencial e COVID-19 epidemias pode impor uma carga extra de doença para as comunidades afectadas no mundo tropicais e subtropicais.

    29 Abril 2021

    Maior risco de morte por COVID-19 em grupos de baixa renda e não brancos de São Paulo, Brasil, BMJ Global Health, Leia mais

    Existem poucas evidências sobre os efeitos diferenciais do COVID-19 sobre a saúde em grupos populacionais desfavorecidos. Aqui, caracterizamos o risco diferencial de hospitalização e morte no estado de São Paulo, Brasil, e mostramos como a vulnerabilidade ao COVID-19 é moldada por desigualdades socioeconômicas.

    25 Abril 2021

    Coronavírus das cidades às florestas: mapeando interfaces vulneráveis ​​e pontos de acesso para o spillover de SARS-CoV-2 de humanos para a biodiversidade, The Lancet Planetary Health, Leia mais

    Com a disseminação contínua do SARS-CoV-2 globalmente, a probabilidade de interações entre humanos infectados e a vida selvagem tende a crescer intensamente, assim como a probabilidade de transbordamento viral dos humanos para a biodiversidade. Este aspecto é de grande preocupação para a conservação da vida selvagem e saúde humana, pois a lista de grupos de animais altamente suscetíveis que contraíram SARS-CoV-2 (morcegos, mustelídeos e primatas) é grande e, uma vez infectados, esses grupos podem atuar como vetores e reservatórios, tornando-se um substrato para mutações e recombinações virais e aumentando o risco de novas cepas emergentes, que podem retornar aos humanos como novas doenças. Pouco se sabe sobre os fatores indutores que o coronavírus transborda de uma espécie para outra, mas pode-se argumentar que as zonas de interface entre a fauna selvagem e os humanos, que são fronteiras estreitas entre antrópicas (cidades, estradas, parques, locais de ecoturismo e fronteiras agrícolas) e habitat silvestre, são zonas de maior interação entre humanos e animais selvagens e, portanto, têm uma probabilidade maior de eventos de transbordamento viral do que outras áreas. Em um contexto semelhante, a compressão do habitat pela fragmentação da floresta também aproxima espécies e seres infectados, reduzindo suas áreas de vida e intensificando o risco de transbordamento entre as populações selvagens. Portanto, com base na premissa da zoonose – quanto maior a interação humano-animal, maior o risco de transbordamento viral – buscamos identificar as áreas de maior e menor índice de transbordamento viral no Brasil.

    25 Abril 2021

    Conectividade da paisagem para febre amarela: uma abordagem proxy para detectar deslocamento e circulação através de corredores e interfaces ambientais, The Lancet Public Health, Leia Mais

    A febre amarela é uma doença hemorrágica arboviral transmitida por mosquitos nas regiões tropicais da África e América do Sul. A OMS estima que haja 200.000 casos graves e 30.000 mortes em todo o mundo anualmente. No Brasil, o ciclo selvagem da febre amarela (também denominado ciclo urbano) ocorre por transmissão entre primatas não humanos com mosquitos infectados dos gêneros Haemagogus e Sabethes como intermediários. A análise sorológica de primatas falecidos é o principal método de monitoramento; no entanto, em muitos casos, esses primatas morrem em zonas remotas, dificultando o monitoramento geográfico das ocorrências de febre amarela. Mesmo assim, as autoridades de vigilância zoonótica observaram padrões geográficos na circulação da febre amarela, especialmente associados à conectividade ecológica entre fragmentos florestais com determinados tamanhos e características. No entanto, vários corredores de deslocamento potencial conectando pontos geográficos com casos positivos permanecem desconhecidos. Inesperadamente, outras rotas aparentemente favoráveis ​​à circulação de primatas parecem agir como uma barreira para a febre amarela contra o deslocamento. A determinação das características paisagísticas e ecológicas que atuam sobre a circulação desse primata (e viral) é fundamental para a previsão e mapeamento dos corredores de deslocamento e zonas suscetíveis, favorecendo a tomada de decisão no planejamento de ações preventivas e pró-ativas de combate à febre amarela.

    19 Abril 2021

    Virus infecioso em amostras respiratórias de trabalhadores de saúde re-infectados com SARS-CoV-2 no Brazil, 2020, Emerging Infectious Diseases, Leia mais

    Neste estudo, descrevemos 4 casos de reinfeção de SARS-CoV-2 por linhagens não classificadas como não variantes de preocupação (VOCs, variant of concers) em profissionais de saúde em Campinas, São Paulo, Brasil. Também, isolamos vírus infecioso nas secreções nasofaríngeas durante as duas infeções. Portanto, melhoramento e contínua aplicação das medidas de seguranças são necessárias para mitigar o risco de reinfeção entre os profissionais de saúde.

    15 Abril 2021

    Genômica e epidemiologia de uma nova linhagem SARS-CoV-2 em Manaus, Brasil  Science, Leia mais

    Casos de infecção por SARS-CoV-2 em Manaus, Brasil, ressurgiram no final de 2020, apesar dos altos níveis de infecção anterior lá. Por meio do sequenciamento do genoma de vírus amostrados em Manaus entre novembro de 2020 e janeiro de 2021, identificamos o surgimento e a circulação de uma nova variante do SARS-CoV-2, a linhagem P.1, que adquiriu 17 mutações, incluindo um trio na proteína spike (K417T, E484K e N501Y) associado ao aumento da ligação ao receptor ACE2 humano. A análise do relógio molecular mostra que a emergência P.1 ocorreu por volta do início de novembro de 2020 e foi precedida por um período de evolução molecular mais rápida. Usando um modelo dinâmico de duas categorias que integra dados genômicos e de mortalidade, estimamos que P.1 pode ser 1,4-2,2 vezes mais transmissível e 25-61% mais probabilidade de escapar da imunidade protetora induzida por infecção anterior com linhagens não-P.1 . A vigilância genômica global aprimorada de variantes preocupantes, que podem exibir maior transmissibilidade e / ou evasão imunológica, é crítica para acelerar a resposta à pandemia.

    8 Abril 2021

    Aumento da frequência das linhagens SARS-CoV-2 B.1.1.7, P.1 e P.2 e identificação de uma nova linhagem que abriga as mutações de pico E484Q e N501T em Minas Gerais, Sudeste do Brasil, Virological.org, Leia mais

    Nós relatamos os resultados preliminares de uma investigação em andamento da diversidade genômica do SARS-CoV-2 na região metropolitana de Belo Horizonte (RMBH), Minas Gerais, Brasil. Nós sequenciamos e caracterizamos 85 sequências quase completas do genoma SARS-CoV-2 de amostras randomizadas coletadas entre 28 de outubro de 2020 e 15 de março de 2021. A análise filogenética revela a co-circulação de duas variantes preocupantes (VOC), B.1.1.7 (n = 3, 3,53%) e P.1 (n = 30, 35,29%), e variante de interesse (VOI) P.2 (n = 41, 48,23%). Essas variantes abrigam mutações E484K (P.1 e P.2) e N501Y (P.1 e B.1.1.7) que estão associadas a maior transmissibilidade ou escape imune. A mutação N501Y também foi associada a um aumento nas hospitalizações e mortes por COVID-19. Notavelmente, descobrimos que entre 28 de fevereiro e 15 de março, 68% dos casos foram causados ​​pela linhagem P.1 na RMBH. Além disso, relatamos um grupo de duas sequências caracterizadas por uma matriz única de 18 mutações, incluindo novas alterações não sinônimas nas mesmas posições de aminoácidos de pico crítico, E484Q e N501T. Esta linhagem parece ter emergido de forma independente do B.1.1.28 amplamente difundido nacionalmente, como relatado anteriormente para P.1 e P.2, e se soma à composição de um cenário epidemiológico complexo da pandemia de SARS-CoV-2 no Brasil .

    6 Abril 2021

    Reinfecção SARS-CoV-2 causada pela linhagem P.1 na cidade de Araraquara, Estado de São Paulo, Brasil, Rev. Inst. Med. Trop. S. Paulo, Leia mais 

    A reinfecção pelo coronavírus da síndrome respiratória aguda grave do tipo 2 (SARS-COV-2) foi relatada em muitos países, sugerindo que o vírus pode continuar a circular entre humanos, apesar da possibilidade de imunidade de rebanho local devido a infecções anteriores massivas. O surgimento de variantes de preocupação (COV) que são mais transmissíveis do que as anteriores em circulação levantou preocupações particulares sobre a eficácia das vacinas e as taxas de reinfecção. A linhagem P.1 foi identificada pela primeira vez em dezembro de 2020 na cidade de Manaus e agora está espalhada globalmente. Relatamos o primeiro caso de reinfecção do SARS-CoV-2 causada pela variante P.1 fora de Manaus. O potencial dessas novas variantes para escapar naturalmente da imunidade induzida pela vacina destaca a necessidade de uma vigilância global.

    4 Março 2021

    Conjunto de dados sobre intervenções não farmacêuticas SARS-CoV-2 em municípios Brasileiros, Scientific Data, Leia mais

    O Brasil tem uma das epidemias de COVID-19 de crescimento mais rápido em todo o mundo. As intervenções não farmacêuticas (INP) têm sido adotadas no nível municipal, com ações assíncronas realizadas em 5.568 municípios e no Distrito Federal. Este artigo sistematiza as informações fragmentadas sobre relatórios de INP em um novo conjunto de dados com respostas da pesquisa de 4.027 prefeitos, cobrindo 72,3% de todos os municípios do país. Este conjunto de dados responde à urgência de rastrear e compartilhar descobertas sobre políticas fragmentadas durante a pandemia COVID-19. Quantificar NPIs pode ajudar a avaliar o papel das intervenções na redução da transmissão. Oferecemos detalhes espaciais e temporais para uma série de medidas destinadas a implementar o distanciamento social e as datas em que essas medidas foram relaxadas pelos governos locais.

    4 Fevereiro 2021

    Rastreando a propagação internacional das linhagens SARS-CoV-2 B.1.1.7 e B.1.351 / 501Y-V2, Virological.org, Leia mais

    Linhagens preocupantes sendo rastreadas porque têm mutações de interesse e evidências de disseminação internacional: https://cov-lineages.org/global_report.html

    O GRINCH inclui relatórios diários sobre o genoma e dados de relatórios associados a casos causados ​​pelas linhagens B.1.1.7, B.1.351 e P.1 de preocupação em todo o mundo.

    27 Janeiro 2021

    Ressurgimento do COVID-19 em Manaus, Brasil, apesar da alta soroprevalência – Comentário publicado em The Lancet Leia mais

    Nosso comentário mais recente sobre o ressurgimento do COVID-19 em Manaus, Brasil, apesar da alta soroprevalência, foi publicado em The Lancet. Depois de inicialmente conter a síndrome respiratória aguda grave coronavírus 2 (SARS-CoV-2), muitos países europeus e asiáticos tiveram um ressurgimento de COVID-19 consistente com uma grande proporção da população permanecendo suscetível ao vírus após a primeira onda epidêmica. Por outro lado, em Manaus, Brasil, um estudo de doadores de sangue indicou que 76% (IC 95% 67–98) da população havia sido infectada com SARS-CoV-2 em outubro de 2020.

    26 Janeiro 2021

    Transmissão local da linhagem SARS-CoV-2 B.1.1.7, Brasil, dezembro de 2020, Emerging Infectious Diseases, Leia mais

    Em dezembro de 2020, a vigilância da pesquisa detectou a linhagem B.1.1.7 da síndrome respiratória aguda grave coronavírus 2 em São Paulo, Brasil. O sequenciamento genômico rápido e a análise filogenética revelaram 2 introduções distintas da linhagem. Um paciente relatou nenhuma viagem internacional. Pode haver mais infecções por esta linhagem no Brasil do que relatado.

    25 Janeiro 2021

    Aumentando a frequência da linhagem P.1 em Manaus Leia mais 

    Fornecemos um breve relatório acompanhando nosso post anterior. Aqui, compartilhamos uma tabela de frequência por data de coleta para um total de 142 sequências do genoma SARS-CoV-2 de Manaus, incluindo 115 sequências parciais, quase completas e completas do genoma SARS-CoV-2 geradas por nossa equipe a partir de amostras coletadas em Dezembro de 2020 (n = 67, datas de coleta entre 15 de dezembro de 2020 e 31 de dezembro de 2020) e janeiro de 2021 (n = 48, datas de coleta entre 1 de janeiro de 2021 e 9 de janeiro de 2021). Seqüências quase completas e completas foram classificadas com pangolim; sequências parciais foram digitadas usando análise filogenética de máxima verossimilhança com um conjunto de dados interno de sequências P.1, P.2 e B.1.1.28 quase completas ou completas. Leia mais

    21 Janeiro 2021

    Dinâmica de transmissão precoce, propagação e caracterização genômica do SARS-CoV-2 no Panamá, publicado em Doenças Infecciosas Emergentes. Leia mais

    Reportamos uma análise epidemiológica de 4.210 casos de síndrome respiratória aguda grave por infecção com coronavírus 2  e análise genética de 313 novos genomas de vírus quase completos no Panamá entre 9 de março a 16 de abril de 2020. Embora as medidas de contenção tenham reduzido o R0 e o Rt, não interromperam a propagação do vírus no país.

    12 Janeiro 2021

    Características clínicas e história natural dos primeiros 2073 casos suspeitos de COVID-19 no programa de atenção primária “Corona São Caetano”: um estudo de coorte prospectivo, publicado em BMJ Open Leia mais

    O programa Corona São Caetano é uma iniciativa de atenção básica que atende todos os residentes suspeitos de COVID-19 na cidade de São Caetano do Sul, Estado de São Paulo, Brasil. Este programa propõe-se a coletar dados clínicos padronizados de casos suspeitos de COVID-19 entre os residentes do município de São Caetano do Sul. Após a triagem de casos potencialmente graves, os pacientes se apresentaram a uma plataforma de triagem entre 13 de abril e 13 de maio de 2020. Os casos suspeitos foram testados em casa com RT-PCR específica para SARS-CoV-2. Em seguida, os pacientes positivos foram acompanhados por 14 dias por meio de ligações telefônicas a cada 2 dias. Os pacientes com resultado negativo na RT-PCR, foram submetidos a testes sorológicos adicionais para SARS-CoV-2. Assim, neste estudo, descrevemos as características clínicas, virológicas e de história natural desta coorte prospectiva de base populacional. Dos 2.073 casos suspeitos de COVID-19, 1.583 (76,4%) foram testados por RT-PCR, dos quais 444 (28,0%, IC 95% 25,9 a 30,3) foram positivos; 604/1136 (53%) pacientes RT-PCR-negativos foram submetidos a sorologia, dos quais 52 (8,6%) foram  positivos para SARS-CoV-2. Os sintomas mais comuns de COVID-19 reportados foram tosse, fadiga, mialgia e dor de cabeça; enquanto que febre auto-referida (OR 3,0, IC 95% 2,4 a 3,9), anosmia (OR 3,3, IC 95% 2,6 a 4,4) e ageusia (OR 2,9, IC 95% 2,3 a 3,8) foram fortemente associadas ao diagnóstico positivo para SARS-CoV-2 por RT-PCR ou sorologia. Os valores de Ct (cycle thresholds) na RT-PCR foram menores em homens, pacientes mais velhos, e aqueles com febre e artralgia e na fase inicial dos sintomas. As taxas de hospitalização e óbito dentre 444 casos positivos para RT-PCR foram de 6,7% e 0,7%, respectivamente, sendo que a idade avançada e a obesidade foram mais frequentemente observadas no grupo hospitalizado. A COVID-19 apresenta-se de forma semelhante a outras doenças respiratórias leves adquiridas na comunidade, mas a presença de febre, anosmia e ageusia podem auxiliar no diagnóstico específico. A maioria dos pacientes se recuperou sem hospitalização, e com uma baixa taxa de letalidade em comparação com outros estudos baseados em hospitais.

    12 Janeiro 2021

    Caracterização genômica de uma linhagem emergente de SARS-CoV-2 em Manaus: resultados preliminares Leia mais (English only)

    Detectamos uma nova variante de SARS-CoV-2 circulando em dezembro em Manaus, Amazonas, norte do Brasil, onde altas taxas de transmissão haviam sido estimadas previamente. Esta nova linhagem, denominada P.1 (originada da linhagem B.1.1.28), contém um conjunto único de mutações que a definem, incluindo várias mutações de importância biológica conhecida, como E484K, K417T e N501Y. Ressaltamos, que a linhagem P.1 foi identificada em 42% (13 de 31) das amostras positivas para RT-PCR coletadas entre 15 a 23 de dezembro. Porém, estas amostras não haviam sido incluídas entre as 26 amostras publicamente disponíveis de vigilância genomica que foram coletadas em Manaus entre março a novembro de 2020. Esses achados indicam transmissão local e possivelmente o recente aumento na frequência de uma nova linhagem circulante na região amazônica.  A maior diversidade e as datas de amostragem anteriores de P.1. em Manaus são corroborados com a informação de casos de viajantes recentemente descritos no Japão, sugerindo que a nova cepa foi importada de Manaus.  O recente surgimento de variantes com múltiplas mutações na região da proteína Spike levanta a preocupação sobre a evolução convergente para um novo fenótipo, potencialmente associado a um aumento na transmissibilidade, ou propensão para reinfecção de indivíduos.

    31 Dezembro 2020

    Primeira detecção da linhagem SARS-CoV-2 VOC (B.1.1.7) no Brasil Read more here (English only)

    Relatamos os dois primeiros casos causados ​​pela linhagem SARS-CoV-2 B.1.1.7 (VOC) no Brasil. Os resultados vieram em menos de 36 horas após a coleta da amostra. As amostras foram imediatamente analisadas usando um sequenciador de DNA portátil como parte das atividades de vigilância genômica do projeto CADDE Brasil-Reino Unido. O sequenciamento e a análise filogenética confirmam duas introduções distintas da linhagem de VOC no Brasil, possivelmente oriunda do Reino Unido. Um dos casos relatou não ter viajado para fora do Brasil. Dada a maior transmissibilidade do VOC em comparação com as linhagens não VOC, o aumento da vigilância genômica é urgentemente necessária para investigar a extensão da circulação do VOC no país.

    8 Dezembro 2020

    Taxa de ataque de três quartos do SARS-CoV-2 na Amazônia brasileira durante uma epidemia amplamente não mitigada , publicado em Science Leia mais

    O SARS-CoV-2 se espalhou rapidamente na Amazônia brasileira e a taxa de ataque há uma estimativa do tamanho final de uma epidemia amplamente não mitigada. Utilizamos uma amostra de conveniência de doadores de sangue para mostrar que até junho, um mês após o pico epidêmico em Manaus, capital do estado do Amazonas, 44% da população apresentava anticorpos IgG detectáveis. Corrigindo os casos sem uma resposta detectável de anticorpos e diminuindo os anticorpos, estimamos uma taxa de ataque de 66% em junho, aumentando para 76% em outubro. É maior do que em São Paulo, no sudeste do Brasil, onde a taxa de ataque estimada em outubro é de 29%. Esses resultados confirmam que, quando mal controlado, COVID-19 pode infectar uma grande fração da população causando alta mortalidade.

    03 Novembro 2020

    Um fluxo de trabalho filodinâmico para obter rapidamente insights sobre a história de dispersão e dinâmica das linhagens SARS-CoV-2 , publicado em Biologia Molecular e Evolução Leia mais

    Desde o início da pandemia de COVID-19, um número sem precedentes de sequências genômicas de SARS-CoV-2 foi gerado e compartilhado com a comunidade científica. O volume incomparável de dados genéticos disponíveis apresenta uma oportunidade única de obter informações em tempo real sobre a transmissão do vírus durante a pandemia, mas também um obstáculo computacional assustador se analisado com abordagens filogeográficas padrão ouro. Para lidar com essa limitação prática, aqui descrevemos e aplicamos um pipeline analítico rápido para analisar a história de dispersão espaço-temporal e a dinâmica das linhagens SARS-CoV-2. Como uma prova de conceito, focamos na epidemia belga, que teve uma das maiores densidades espaciais de genomas SARS-CoV-2 disponíveis. Nosso pipeline tem potencial para ser rapidamente aplicado a outros países ou regiões, com benefícios importantes na complementação de análises epidemiológicas na avaliação do impacto de medidas de intervenção ou sua facilitação progressiva.

    4 Septembro 2020

    Evolução e epidemia disseminação do SARS-CoV-2 no Brasil , publicado em Science, Leia mais

    Devido aos dados limitados disponíveis, as avaliações do impacto das intervenções não farmacêuticas (NPIs) sobre a propagação do vírus permanecem desafiadoras. Usando um modelo de transmissão baseado em mobilidade, mostramos que NPIs reduziram o número de reprodução de & gt; 3 para 1 para 1,6 em São Paulo e no Rio de Janeiro. Sequenciamento de 427 novos genomas e análise de um conjunto de dados genômicos geograficamente representativos identificou & gt; 100 introduções internacionais de vírus no Brasil. Estimamos que a maioria (76%) das cepas brasileiras caiu em três clados que foram introduzidos da Europa entre 22 de fevereiro e 11 de março de 2020. Durante a fase inicial da epidemia, descobrimos que o SARS-CoV-2 se espalhou principalmente localmente e dentro das fronteiras estaduais . Após esse período, apesar da queda acentuada nas viagens aéreas, estimamos exportações múltiplas de grandes centros urbanos que coincidiram com um aumento de 25% nas distâncias médias percorridas em voos nacionais. Este estudo lança uma nova luz sobre a transmissão epidêmica e as trajetórias evolutivas das linhagens SARS-CoV-2 no Brasil e fornece evidências de que as intervenções atuais ainda são insuficientes para manter a transmissão do vírus sob controle no país.

    7 Agosto 2020

    Resultado fatal do vírus chikungunya infecção no Brasil , publicado em Clinical Infectious Diseases Leia mais 

    Uma investigação retrospectiva foi realizada para descrever características clínicas, epidemiológicas e genômicas do vírus associadas às mortes causadas pelo CHIKV no estado do Ceará, nordeste do Brasil. Amostras de soro, líquido cefalorraquidiano (LCR) e tecido de 100 casos fatais com suspeita de infecção por arbovírus foram testadas para CHIKV, dengue (DENV) e Zika vírus (ZIKV). 68 casos fatais tiveram infecção por CHIKV confirmada por RT-qPCR (52,9%), antígeno viral (41,1%) e / ou IgM específico (63,2%). A codetecção de CHIKV com DENV foi encontrada em 22% dos casos fatais, ZIKV em 2,9% e DENV e ZIKV em 1,5%. Um total de 39 mortes por CHIKV apresentadas com sinais e sintomas neurológicos e ARN do CHIKV foi encontrado no LCR de 92,3% desses pacientes. Desfechos fatais foram associados à síndrome irreversível de disfunção de múltiplos órgãos. Pacientes com diabetes parecem morrer com maior freqüência durante a fase subaguda. A análise genética mostrou a circulação de duas linhagens de CHIKV-Centro-Leste da África do Sul (ECSA) no Ceará e não revelou nenhuma mutação genômica viral única associada a desfecho fatal.

    31 Julho 2020

    Características epidemiológicas e clínicas da epidemia de COVID-19 no Brasil , Nature Human Behavior,  Leia mais

    O primeiro caso de COVID-19 foi detectado no Brasil em 25 de fevereiro de 2020. Relatamos e contextualizamos os achados epidemiológicos, demográficos e clínicos para casos de COVID-19 durante os primeiros 3 meses do epidemia. Em 31 de maio de 2020, 514.200 casos de COVID-19, incluindo 29.314 mortes, foram notificados em 75,3% (4.196 de 5.570) dos municípios em todas as cinco regiões administrativas do Brasil. O valor R 0 para o Brasil foi estimado em 3,1 (intervalo de credibilidade bayesiana de 95% = 2,4-5,5), com uma mediana mais alta, mas intervalos credíveis sobrepostos em comparação com alguns outros gravemente afetados países. Foi identificada uma associação positiva entre maior renda per capita e diagnóstico de COVID-19. Além disso, os casos de infecção respiratória aguda grave de etiologia desconhecida foram associados a uma renda per capita mais baixa. A co-circulação de seis vírus respiratórios foi detectada, mas em níveis muito baixos. Esses achados fornecem uma descrição abrangente da epidemia de COVID-19 em andamento no Brasil e podem ajudar a orientar medidas subsequentes para controlar a transmissão do vírus.

    10 Julho 2020

    Interfaces para transmissão de spillover para coronavírus , publicado em Estudos Avancados, Leia mais

    A atual trajetória de desenvolvimento humano gera impactos ambientais deletérios, que impactam negativamente a saúde; entre eles, a transmissão intensificada de doenças infecciosas, epidemias e pandemias, como a covid-19. A maneira como geralmente lidamos com a biodiversidade e os ecossistemas, combinada com os efeitos das mudanças climáticas, cria interfaces e caminhos que favorecem a diversificação, o transbordamento e a circulação de vírus. Dessa forma, o Sars-CoV-2 pode invadir os biomas brasileiros, transformando, por exemplo, a floresta amazônica em um imenso reservatório de onde o coronavírus pode voltar ainda mais agressivo à saúde.

    25 Julho 2020

    Distribuição de intervalo serial da infecção por SARS-CoV-2 no Brasil , Journal Travel Medicine, Leia mais

    As avaliações atuais da dinâmica de transmissão do SARS-CoV-2 contam com estimativas precisas dos principais parâmetros epidemiológicos, incluindo o intervalo serial, que pode ser definido como o tempo entre o início dos sintomas na fonte e o início dos sintomas no receptor. Estimamos o intervalo serial de SARS-CoV-2 de 65 pares de infectados-infectados do Brasil. O intervalo serial médio em nossos dados foi estimado em 3 (desvio padrão = 3,29) dias.

    30 Maio 2020

    Evidência genômica de vírus da febre amarela em Aedes scapularis no sudeste do Brasil, 2016 , Acta Tropica Leia mais

    A região sudeste do Brasil experimentou recentemente o maior surto de febre amarela em décadas. Desde julho de 2016, eventos epizoóticos foram relatados na região norte do estado de São Paulo, onde 787 Culicidae foram capturados como parte dos esforços de vigilância em saúde pública e testados por PCR quantitativo em tempo real. Um pool de Aedes scapularis coletado em novembro de 2016 em uma área agrícola na cidade de Urupês testou positivo para YFV-RNA. Usando uma abordagem de PCR multiplex validada, fomos capazes de recuperar uma sequência completa do genoma do vírus desse pool. A análise filogenética da nova cepa e dados disponíveis publicamente indicam que ela pertence ao clado do genótipo 1 da América do Sul que circula no estado de São Paulo e é basal ao clado de surto recente no sudeste do Brasil. Nossas descobertas destacam a necessidade de estudos adicionais, incluindo estudos de competência vetorial, para desvendar o papel do Aedes scapularis na transmissão da febre amarela nas Américas.

    11 Maio 2020

    Importação e transmissão local antecipada de COVID-19 no Brasil, 2020 , Revista Instituto Medicina Tropical, Leia mais

    Realizamos o sequenciamento do genoma e análise das primeiras infecções confirmadas por COVID-19 no Brasil. O sequenciamento rápido, juntamente com análises filogenéticas no contexto da história de viagens, corroboram as múltiplas importações independentes da Itália e a disseminação local durante o estágio inicial da transmissão COVID-19 no Brasil. Nosso estudo fornece um instantâneo do estabelecimento inicial da pandemia COVID-19 no Brasil, caracterizada por múltiplas introduções independentes da Itália, seguidas pela transmissão local do vírus em São Paulo. As análises filogenéticas são amplamente consistentes com os históricos de viagens auto-relatados dos pacientes. Mostramos que os dois genomas associados à transmissão local estão ligados a um paciente infectado na Itália e são idênticos a outros genomas italianos coletados na mesma janela de tempo. Dada a taxa de mudança evolutiva dentro do surto estimada para o SARS-CoV-2, alertamos contra a inferência da direção da transmissão com base apenas nos dados genéticos. Essas inferências podem ainda ser ofuscadas por amostragem incompleta devido a atrasos, refletindo a falta de acesso equitativo ao diagnóstico e sequenciamento genômico.

    15 Março 2020

    Rotas para importação de COVID-19 no Brasil , Journal Travel Medicine, Leia mais

    Para melhor compreender o potencial de introduções de SARS-CoV-2 no Brasil, estimamos o risco relativo da introdução de COVID-19 em cidades brasileiras levando em consideração a incidência de SARS-CoV-2 por viajante internacional que chega a um aeroporto no Brasil. Estimamos que 54,8% de todos os casos importados seriam de viajantes infectados na Itália e 9,3% e 8,3% dos casos seriam de viajantes infectados na China e na França, respectivamente. A rota Itália – São Paulo foi estimada em 24,9% do total de viajantes infectados que voaram para o Brasil neste período. Além disso, estimamos que a Itália tenha sido o local de origem para cinco das dez principais rotas de importação de viajantes infectados para o Brasil com base no cenário epidemiológico atual. Consistente com isso, pelo menos 48% ( n = 14/29) dos casos importados notificados no Brasil têm um histórico de viagens para a Itália antes do início dos sintomas, a partir de 9 de março de 2020. Seis (23,1%) dos casos confirmados que adquiriram o vírus na Itália foram identificados em São Paulo.

    28 Fevereiro 2020

    Primeiros casos de doença coronavírus (COVID-19) no Brasil , Virológico, Leia mais

    Apresentamos um breve relato e análise filogenética dos casos confirmados de COVID-2 no Brasil. Dos 488 casos suspeitos , dois até agora tiveram resultado positivo para COVID-19. Esses dois casos viajaram para o norte da Itália. Descrições clínicas e epidemiológicas detalhadas para pacientes suspeitos e confirmados, inclusive para os dois pacientes aqui relatados, estão disponíveis em Rede Nacional de Alerta e Resposta a Emergências de Saúde Pública do Ministério da Saúde do Brasil. Relatório completo disponível em Virological.org .

    7 Agosto 2020

    Vigilância genômica das ondas epidêmicas do vírus da febre amarela em São Paulo, Brasil, 2016-2018, PLoS Pathogens, Leia mais

    Desde julho de 2016, o sudeste do Brasil experimentou o maior surto de vírus da febre amarela (YFV) em décadas. Usando nossos protocolos de sequenciamento portáteis validados , geramos 46 novos genomas YFV completos e investigamos a distribuição geográfica e temporal dos casos observados em primatas não humanos no estado de São Paulo. Descobrimos que a maioria dos casos em São Paulo resulta de uma única introdução de Minas Gerais que se espalhou a uma taxa de 1 km por dia, consistente com um cenário de disseminação contínua em comunidades de primatas não humanos e vetor silvestre em manchas florestais, com transbordamento ocasional às populações humanas não vacinadas.

    18 Novembro 2019

    Identificação precoce da substituição da linhagem do vírus da dengue no Brasil usando vigilância genômica portátil , relatório preliminar em Virological.org , publicado em Mem Inst Oswaldo Cruz Leia mais

    Este estudo usa protocolos validados de sequenciamento portátil para gerar rapidamente os primeiros dados do genoma do vírus 20 casos ocorridos em Araraquara e São José do Rio Preto, estado de São Paulo, Brasil. Descobrimos que o surto de dengue de 2019 no Brasil nesta região é causado por um genótipo III do sorotipo 2 do DENV recém-introduzido (asiático / americano) que está substituindo linhagens de DENV2 que circulavam anteriormente.

    14 Fevereiro 2020

    A dinâmica evolutiva do vírus Oropouche na América do Sul , Journal of Virology, Leia mais

    A bacia amazônica é hospedeira de vários patógenos virais transmitidos por artrópodes que causam doenças febris em humanos. Entre eles, o Oropouche orthobunyavirus (OROV) é um membro relativamente pouco estudado dos Peribunyavirales, que causa surtos periódicos em populações humanas no Brasil e em outros países sul-americanos. Nossos resultados mostram que diferentes processos evolutivos nos três segmentos que englobam o genoma viral de OROV levam a taxas evolutivas variáveis ​​e datas de divergência que podem ser explicadas pelo rearranjo críptico. Também apresentamos a descoberta de sítios de glicosilação ligados a N putativos anteriormente não observados e códons que evoluem sob seleção positiva nas proteínas da superfície viral, e discutimos o papel potencial dessas características na evolução do vírus por meio de uma abordagem filogenética e estrutural combinada.

    31 Janeiro 2020

    Infecções pelo vírus Sabia em casos suspeitos de febre amarela em São Paulo, Brasil Relatório Preliminar Leia mais

    Fornecemos um breve relatório sobre dois casos de vírus Sabia detectados em São Paulo, Brasil, em dezembro de 2019. Usamos o novo protocolo metagenômico do CADDE e projetar novos primers e sondas diagnósticas de PCR que possam abranger uma diversidade maior de cepas de SABV no Brasil. Um relatório preliminar sobre nossos resultados pode ser encontrado aqui .

    18 Fevereiro 2020

    Genômica e Vigilância epidemiológica do vírus Zika na região amazônica , Cell Reports, Leia mais

    O vírus Zika (ZIKV) causou uma epidemia explosiva associada a graves resultados clínicos nas Américas. Em junho de 2018, 4.929 suspeitas de infecção por ZIKV e 46 casos de síndrome congênita foram notificados em Manaus, Amazonas, Brasil. Embora Manaus seja um importante pólo demográfico na região amazônica, pouco se sabe sobre a epidemia de ZIKV ali, tanto em termos de transmissão quanto de diversidade genética viral. Usando o sequenciamento do genoma do vírus portátil, geramos 59 genomas do ZIKV em Manaus. Análises filogenéticas indicaram múltiplas introduções de ZIKV do nordeste do Brasil para Manaus. A análise genômica espacial do movimento do vírus entre seis áreas em Manaus sugeriu que os bairros populosos do norte atuaram como fontes de transmissão do vírus para outros bairros. Nosso estudo revelou como a epidemia de ZIKV foi deflagrada e mantida na maior metrópole urbana da Amazônia. Esses resultados podem contribuir para melhorar a resposta da saúde pública aos surtos no Brasil.