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  • Atualizações genômicas e epidemiológicas da circulação da SARS-CoV-2 no Brasil

    A doença de coronavírus 2019 (COVID-19) é uma doença causada por coronavírus 2 da síndrome respiratória aguda grave (SARS-CoV-2) que foi detectada pela primeira vez na China em dezembro de 2019. Brasil confirmou os primeiros casos em 26 de fevereiro de 2020, em um paciente retornando da Itália.

    Situação epidemiológica no Brasil

    Atualmente existem 2,227,514 casos confirmados de COVID19 em todo o Brasil (23 de julho de 2020). Desses, 439,446 (20%) de todos os casos confirmados foram relatados no estado de São Paulo e 148,623 casos (7%) no estado do Rio de Janeiro. Observe que esses números contêm informações reportadas pelos veículos de mídia locais e podem não corresponder aos números relatados pelo Ministério da Saúde do Brasil. Verifique as atualizações diárias fornecidas pelo Ministério da Saúde do Brasil .

    O primeiro caso no Brasil foi confirmado em 26 de fevereiro de 2020 ( confira nosso breve relatório aqui ). Desde então, o vírus foi detectado nas cinco regiões do país. A transmissão local foi confirmada em todas as regiões do país.

    Primeiros genomas SARS-CoV-2 da América Latina. Leia mais

    Fornecemos um breve relatório e análise filogenética dos primeiros casos confirmados de COVID-2 no Brasil. O primeiro genoma e o relatório foram gerados em menos de 48 horas após o diagnóstico confirmatório no Instituto Adolfo Lutz. Dos casos suspeitos de COVID-19 , dois até agora deram positivo para COVID-19. Os dois casos viajaram para o norte da Itália. Descrições clínicas e epidemiológicas detalhadas para pacientes suspeitos e confirmados, inclusive para os dois pacientes aqui relatados, estão disponíveis na Rede Nacional de Alerta e Resposta a Emergências em Saúde Pública do Ministério da Saúde do Brasil. Um relatório completo sobre nossas descobertas genéticas, incluindo dados brutos e análises, pode ser encontrado em Virological.org .

    Rotas da introdução do COVID-19 no Brasil

    Numa fase inicial da epidemia, quando o número de casos de SARS-CoV-2 importados estava aumentando no Brasil, usámos dados de incidência e histórico de viagens aéreas para estimar as rotas de importação mais importantes para o país. Tal análise permite sugerir onde

    Entre fevereiro e março de 2019, o Brasil recebeu 841.302 passageiros internacionais em um total de 84 cidades em todo o país (Figura 1). São Paulo, a maior cidade do país, foi o destino final de quase metade (46,1%) dos passageiros que chegaram ao Brasil, seguidos pelo Rio de Janeiro (21%) e Belo Horizonte (4,1%). Mais da metade dos passageiros internacionais iniciaram a viagem nos EUA (50,8%), seguidos pela França (7,9%) e Itália (7,5%). As rotas de viagens aéreas para aeroportos no Brasil com maior número de passageiros foram EUA-São Paulo (23,3%), EUA-Rio de Janeiro (9,8%) e Itália-São Paulo (3,4%).

    Potencial de importação de COVID-19 para o Brasil. O painel à esquerda mostra a proporção (%) de passageiros das 20 principais rotas para aeroportos brasileiros de países que notificaram casos de COVID-19 até 5 de março de 2020. Painel na proporção estimada do lado direito (%) das importações para as 20 principais rotas de países que reportaram COVID-19 local até 5 de março de 2020.

    É importante ressaltar que, com a recente redução no número de voos saindo da Itália e 51% dos voos para o Brasil partindo de aeroportos nos EUA, devemos antecipar uma proporção crescente de viajantes infectados que chegam dos EUA. Em um momento em que o número de casos de SARS-CoV-2 cresce constantemente no Brasil, nossas descobertas destacam o alto potencial para a introdução de novos casos em várias cidades do Brasil, especialmente nas metrópoles de São Paulo e Rio de Janeiro. A identificação rápida de localidades onde os grupos de transmissão locais podem se infectar pela primeira vez é fundamental para coordenar melhor as ações preventivas ,  de prontidão e resposta. Há uma necessidade crítica de dados epidemiológicos, de mobilidade humana e genéticos para entender a dinâmica de transmissão de vírus em todo o Brasil. A integração contínua desses fluxos de dados deve ajudar a orientar a implantação de recursos para mitigar a transmissão do COVID-19 no Brasil.

    Confira nossa publicação científica aqui Confira também um vídeo do youtube do Dr. Chico Camargo explicando nossas descobertas.

    Características epidemiológicas e clínicas da epidemia de COVID-19 no Brasil. Leia Mais

    O primeiro caso de COVID-19 foi detectado no Brasil em 25 de fevereiro de 2020. Relatamos e contextualizamos os achados epidemiológicos, demográficos e clínicos para casos de COVID-19 durante os primeiros 3 meses do epidemia. Em 31 de maio de 2020, 514.200 casos de COVID-19, incluindo 29.314 mortes, foram notificados em 75,3% (4.196 de 5.570) dos municípios em todas as cinco regiões administrativas do Brasil. O valor R 0 para o Brasil foi estimado em 3,1 (intervalo de credibilidade bayesiana de 95% = 2,4-5,5), com uma mediana mais alta, mas intervalos credíveis sobrepostos em comparação com alguns outros gravemente afetados países. Foi identificada uma associação positiva entre maior renda per capita e diagnóstico de COVID-19. Além disso, os casos de infecção respiratória aguda grave de etiologia desconhecida foram associados a uma renda per capita mais baixa. A co-circulação de seis vírus respiratórios foi detectada, mas em níveis muito baixos. Esses achados fornecem uma descrição abrangente da epidemia de COVID-19 em andamento no Brasil e podem ajudar a orientar medidas subsequentes para controlar a transmissão do vírus.

    Evolução e epidemia disseminação do SARS-CoV-2 no Brasil. Leia mais

    Devido aos dados limitados disponíveis, as avaliações do impacto das intervenções não farmacêuticas (NPIs) sobre a propagação do vírus permanecem desafiadoras. Usando um modelo de transmissão baseado em mobilidade, mostramos que NPIs reduziram o número de reprodução de & gt; 3 para 1 para 1,6 em São Paulo e no Rio de Janeiro. Sequenciamento de 427 novos genomas e análise de um conjunto de dados genômicos geograficamente representativos identificou & gt; 100 introduções internacionais de vírus no Brasil. Estimamos que a maioria (76%) das cepas brasileiras caiu em três clados que foram introduzidos da Europa entre 22 de fevereiro e 11 de março de 2020. Durante a fase inicial da epidemia, descobrimos que o SARS-CoV-2 se espalhou principalmente localmente e dentro das fronteiras estaduais . Após esse período, apesar da queda acentuada nas viagens aéreas, estimamos exportações múltiplas de grandes centros urbanos que coincidiram com um aumento de 25% nas distâncias médias percorridas em voos nacionais. Este estudo lança uma nova luz sobre a transmissão epidêmica e as trajetórias evolutivas das linhagens SARS-CoV-2 no Brasil e fornece evidências de que as intervenções atuais ainda são insuficientes para manter a transmissão do vírus sob controle no país.

    Distribuição de intervalo serial da infecção por SARS-CoV-2 no Brasil. Leia mais

    As avaliações atuais da dinâmica de transmissão do SARS-CoV-2 contam com estimativas precisas dos principais parâmetros epidemiológicos, incluindo o intervalo serial, que pode ser definido como o tempo entre o início dos sintomas na fonte e o início dos sintomas no receptor. Estimamos o intervalo serial de SARS-CoV-2 de 65 pares de infectados-infectados do Brasil. O intervalo serial médio em nossos dados foi estimado em 3 (desvio padrão = 3,29) dias.

    Imunidade de rebanho ao COVID-19 na região Amazônica

    Preprint: medRxiv, September 2020, https://doi.org/10.1101/2020.09.16.20194787

    O limiar de imunidade de rebanho é atingido quando uma determinada proporção da população se torna imune a um agente infeccioso, por infecção natural ou vacinação, de modo que, na ausência de medidas preventivas adicionais, novos casos entram em declínio e o número de reprodução efetiva se torna menor que um. No caso do COVID-19 esse parâmetro epidemiológico fundamental continua desconhecido, e modelos matemáticos têm chegado a estimativas muito divergentes. Estudos a nível populacional utilizando testes de anticorpos para inferir o total cumulativo de infecções podem prover evidência empírica do nível de imunidade em áreas muito acometidas. Neste relatório, nós mostramos que a transmissão de SARS-CoV-2 em Manaus, na região amazônica, aumentou rapidamente em março e abril, e caiu mais lentamente entre maio e setembro. Em junho, um mês após o pico da epidemia, 44% da população tinha anticorpos detectáveis, indicando uma incidência cumulativa de 52% após correção da taxa de falso-negativos inerentes ao exame. A soroprevalência caiu em julho e agosto, com a redução dos níveis de anticorpo circulante. Após correção levando em conta esta redução, nós estimamos que a proporção final da população infectada foi de 66%. Embora intervenções não-farmacêuticas e mudanças comportamentais da população possam ter auxiliado na redução da transmissão de SARS-CoV-2 em Manaus, a taxa de infecção elevada sugere que imunidade de rebanho teve um papel importante em determinar o tamanho final da epidemia.

    Transmissão local da linhagem SARS-CoV-2 B.1.1.7, Brasil, dezembro de 2020. Leia mais

    Em dezembro de 2020, a vigilância da pesquisa detectou a linhagem B.1.1.7 da síndrome respiratória aguda grave coronavírus 2 em São Paulo, Brasil. O sequenciamento genômico rápido e a análise filogenética revelaram 2 introduções distintas da linhagem. Um paciente relatou nenhuma viagem internacional. Pode haver mais infecções por esta linhagem no Brasil do que relatado. Nós relatamos o contexto filogenético de novos genomas de síndrome respiratória aguda grave coronavírus 2 B.1.1.7 isolados de 2 pacientes no Brasil (Figura).

    Ressurgimento do COVID-19 em Manaus, Brasil, apesar da alta soroprevalência. Leia mais

    Nosso comentário mais recente sobre o ressurgimento do COVID-19 em Manaus, Brasil, apesar da alta soroprevalência, foi publicado em The Lancet. Depois de inicialmente conter a síndrome respiratória aguda grave coronavírus 2 (SARS-CoV-2), muitos países europeus e asiáticos tiveram um ressurgimento de COVID-19 consistente com uma grande proporção da população permanecendo suscetível ao vírus após a primeira onda epidêmica. Por outro lado, em Manaus, Brasil, um estudo de doadores de sangue indicou que 76% (IC 95% 67–98) da população havia sido infectada com SARS-CoV-2 em outubro de 2020.

    Reinfecção SARS-CoV-2 causada pela linhagem P.1 na cidade de Araraquara, Estado de São Paulo, Brasil, Rev. Inst. Med. Trop. S. Paulo, Leia mais 

    A reinfecção pelo coronavírus da síndrome respiratória aguda grave do tipo 2 (SARS-COV-2) foi relatada em muitos países, sugerindo que o vírus pode continuar a circular entre humanos, apesar da possibilidade de imunidade de rebanho local devido a infecções anteriores massivas. O surgimento de variantes de preocupação (COV) que são mais transmissíveis do que as anteriores em circulação levantou preocupações particulares sobre a eficácia das vacinas e as taxas de reinfecção. A linhagem P.1 foi identificada pela primeira vez em dezembro de 2020 na cidade de Manaus e agora está espalhada globalmente. Relatamos o primeiro caso de reinfecção do SARS-CoV-2 causada pela variante P.1 fora de Manaus. O potencial dessas novas variantes para escapar naturalmente da imunidade induzida pela vacina destaca a necessidade de uma vigilância global.

    Aumento da frequência das linhagens SARS-CoV-2 B.1.1.7, P.1 e P.2 e identificação de uma nova linhagem que abriga as mutações de pico E484Q e N501T em Minas Gerais, Sudeste do Brasil, Virological.org, Leia mais

    Nós relatamos os resultados preliminares de uma investigação em andamento da diversidade genômica do SARS-CoV-2 na região metropolitana de Belo Horizonte (RMBH), Minas Gerais, Brasil. Nós sequenciamos e caracterizamos 85 sequências quase completas do genoma SARS-CoV-2 de amostras randomizadas coletadas entre 28 de outubro de 2020 e 15 de março de 2021. A análise filogenética revela a co-circulação de duas variantes preocupantes (VOC), B.1.1.7 (n = 3, 3,53%) e P.1 (n = 30, 35,29%), e variante de interesse (VOI) P.2 (n = 41, 48,23%). Essas variantes abrigam mutações E484K (P.1 e P.2) e N501Y (P.1 e B.1.1.7) que estão associadas a maior transmissibilidade ou escape imune. A mutação N501Y também foi associada a um aumento nas hospitalizações e mortes por COVID-19. Notavelmente, descobrimos que entre 28 de fevereiro e 15 de março, 68% dos casos foram causados ​​pela linhagem P.1 na RMBH. Além disso, relatamos um grupo de duas sequências caracterizadas por uma matriz única de 18 mutações, incluindo novas alterações não sinônimas nas mesmas posições de aminoácidos de pico crítico, E484Q e N501T. Esta linhagem parece ter emergido de forma independente do B.1.1.28 amplamente difundido nacionalmente, como relatado anteriormente para P.1 e P.2, e se soma à composição de um cenário epidemiológico complexo da pandemia de SARS-CoV-2 no Brasil .

    Genômica e epidemiologia de uma nova linhagem SARS-CoV-2 em Manaus, Brasil Leia mais

    Casos de infecção por SARS-CoV-2 em Manaus, Brasil, ressurgiram no final de 2020, apesar dos altos níveis de infecção anterior lá. Por meio do sequenciamento do genoma de vírus amostrados em Manaus entre novembro de 2020 e janeiro de 2021, identificamos o surgimento e a circulação de uma nova variante do SARS-CoV-2, a linhagem P.1, que adquiriu 17 mutações, incluindo um trio na proteína spike (K417T, E484K e N501Y) associado ao aumento da ligação ao receptor ACE2 humano. A análise do relógio molecular mostra que a emergência P.1 ocorreu por volta do início de novembro de 2020 e foi precedida por um período de evolução molecular mais rápida. Usando um modelo dinâmico de duas categorias que integra dados genômicos e de mortalidade, estimamos que P.1 pode ser 1,4-2,2 vezes mais transmissível e 25-61% mais probabilidade de escapar da imunidade protetora induzida por infecção anterior com linhagens não-P.1 . A vigilância genômica global aprimorada de variantes preocupantes, que podem exibir maior transmissibilidade e / ou evasão imunológica, é crítica para acelerar a resposta à pandemia.

    Virus infecioso em amostras respiratórias de trabalhadores de saúde re-infectados com SARS-CoV-2 no Brazil, 2020, Emerging Infectious Diseases, Leia mais

    Neste estudo, descrevemos 4 casos de reinfeção de SARS-CoV-2 por linhagens não classificadas como não variantes de preocupação (VOCs, variant of concers) em profissionais de saúde em Campinas, São Paulo, Brasil. Também, isolamos vírus infecioso nas secreções nasofaríngeas durante as duas infeções. Portanto, melhoramento e contínua aplicação das medidas de seguranças são necessárias para mitigar o risco de reinfeção entre os profissionais de saúde.

    Maior risco de morte por COVID-19 em grupos de baixa renda e não brancos de São Paulo, Brasil, BMJ Global Health, Leia mais

    Existem poucas evidências sobre os efeitos diferenciais do COVID-19 sobre a saúde em grupos populacionais desfavorecidos. Aqui, caracterizamos o risco diferencial de hospitalização e morte no estado de São Paulo, Brasil, e mostramos como a vulnerabilidade ao COVID-19 é moldada por desigualdades socioeconômicas.

    Epidemias de interação na Amazônia Brasil: infecção prévia por dengue associada a risco aumentado de COVID-19 em um estudo de coorte de base populacional, Clinical Infectious Diseases, Leia mais

    Infecção por dengue antes serologicamente comprovada está associado ao aumento do risco de subsequente clinicamente aparente COVID-19 em Amazonians, o que implica que a dengue sequencial e COVID-19 epidemias pode impor uma carga extra de doença para as comunidades afectadas no mundo tropicais e subtropicais.

    Multiplex qPCR discrimina variantes de interesse para melhorar a vigilância global de SARS-CoV-2, PLoS Biology, Leia mais

    Com o surgimento de variantes da Síndrome Respiratória Aguda Grave do Coronavírus 2 (SARS-CoV-2) que podem aumentar a transmissibilidade e / ou causar escape das respostas imunológicas, há uma necessidade urgente de vigilância direcionada das linhagens circulantes. Foi descoberto que a variante B.1.1.7 (também 501Y.V1), detectada pela primeira vez no Reino Unido, poderia ser detectada acidentalmente pelo ensaio de PCR Thermo Fisher TaqPath COVID-19 devido a uma deleção chave nesses vírus, pico Δ69– 70, causaria um resultado de “falha do gene de pico” (SGTF). No entanto, um resultado SGTF não é definitivo para B.1.1.7, e este ensaio não pode detectar outras variantes de preocupação (VOC) que não tenham o pico Δ69-70, como B.1.351 (também 501Y.V2), detectado na África do Sul , e P.1 (também 501Y.V3), detectado recentemente no Brasil. Identificamos uma deleção no gene ORF1a (ORF1a Δ3675-3677) em todas as 3 variantes, que ainda não foi amplamente detectada em outras linhagens SARS-CoV-2. Usando ORF1a Δ3675-3677 como o alvo primário e pico Δ69-70 para diferenciar, nós projetamos e validamos um ensaio de PCR de código aberto para detectar SARS-CoV-2 VOC. Nosso ensaio pode ser rapidamente implantado em laboratórios em todo o mundo para melhorar a vigilância para a emergência local e disseminação de B.1.1.7, B.1.351 e P.1.

    Propagação epidêmica da linhagem B.1.1.7 SARS-CoV-2 no Brasil, Viruses, Leia mais

    O surgimento de diversas linhagens que abrigam mutações com significado funcional e transmissibilidade potencialmente aumentada impõe uma maior dificuldade na contenção da pandemia de SARS-CoV-2. No Brasil, seis dessas linhagens cocirculam, uma originária do Reino Unido (B.1.1.7), uma originária da África do Sul (B.1.351) e quatro que surgiram em diferentes regiões do país, P.1 (Manaus), P.2 (Rio de Janeiro), N.9 (São Paulo) e N.10 (Maranhão). Embora existam relatórios sobre a disseminação de algumas dessas linhagens para outras regiões brasileiras, um único relatório sobre dois casos da linhagem B.1.1.7 em São Paulo foi publicado, e a extensão de sua disseminação geográfica é atualmente desconhecida. Portanto, realizamos um estudo de epidemiologia genômica com o objetivo de caracterizar a disseminação dessa linhagem em um contexto nacional.

    O Brasil precisa de uma abordagem coordenada e cooperativa para enfrentar o COVID-19 , Nature Medicine, Leia mais

    Depois de mais de 14 meses sob cerco, os brasileiros continuam sofrendo ao ver milhares de pessoas morrendo todos os dias, mortas pelo patógeno respiratório de ação rápida SARS-CoV-2. As famílias estão lutando para garantir seu sustento, acabar com a fome e, em alguns casos, se ajustar ao tributo de longo prazo de terem sobrevivido à infecção pelo SARS-CoV-2. Com o aumento de casos, superlotação de hospitais e alta letalidade, quem está na linha de frente entende que o Brasil está em guerra com a COVID-19. O ataque foi brutal1. Um quarto de todas as mortes por COVID-19 no Brasil foram registradas oficialmente em abril de 2021. Enquanto isso, uma variante preocupante do SARS-CoV-2, a linhagem P.1 (B.1.1.28.1), continua a ser detectada em um aumento da proporção de infecções, com base no pequeno número de genomas sequenciados em todo o país. Este Comentário discute os muitos fatores que explicam por que o número de vítimas da pandemia no Brasil foi tão extraordinário, incluindo sua estreita conectividade de transporte com os mercados mundiais, as marcadas vulnerabilidades socioeconômicas de suas muitas populações e as persistentes desigualdades.

    Níveis de neutralização da linhagem P.1 de SARS-CoV-2 por anticorpos produzidos após infecção natural e vacinação: um estudo imunológico, Lancet Microbe, Leia mais

    Uma nova linhagem de SARS-CoV-2, chamada P.1 (20J/501Y.V3), foi recentemente detectada no Brasil. Dentre as mutações presentes na linhagem P.1, estão incluídas mudanças de aminoácidos no domínio de ligação ao receptor da proteína da espícula que são relatadas em outras variantes de preocupação, como a B.1.1.7 e a B.1.351. Esse estudo teve como objetivo investigar se isolados selvagens do novo variante P.1 podem escapar de anticorpos neutralizantes gerados por uma resposta imune policlonal. Nós conduzimos um estudo imunológico para determinar o efeito neutralizante de anticorpos contra isolados da linhagem P.1 e B de SARS-CoV-2, usando plasma de pacientes previamente infectados ou vacinados contra SARS-CoV-2. Dois espécimes da linhagem P.1 foram isolados de lavado de nasofaringe e aspirado brônquico-alveolar de pacientes de Manaus, Brasil. A neutralização do vírus P.1 foi mensurada após incubação com plasma de 21 doadores de sangue na fase de convalescência de COVID-19 e um total de 53 pessoas que receberam a vacina quimicamente inativada CoronaVac. Foram incluídas amostras de plasma de 18 indivíduos que receberam uma única dose e 38 indivíduos que receberam as duas doses da vacina, todos coletados entre 17 e 38 dias após imunização. Também foram incluídas amostras de plasma de 15 indivíduos que receberam duas doses da vacina entre 134-260 dias antes da coleta. Os resultados de neutralização para P.1 foram comparados com os resultados obtidos para um isolado da linhagem B, que circulou no começo da pandemia no Brasil, analisando a mediana do título neutralizante viral (VNT50– definido como o valor de diluição da amostra que conferiu 50% de proteção contra a presença de efeito citopático).