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  • Atualizações genômicas e epidemiológicas da circulação da SARS-CoV-2 no Brasil

    A doença de coronavírus 2019 (COVID-19) é uma doença causada por coronavírus 2 da síndrome respiratória aguda grave (SARS-CoV-2) que foi detectada pela primeira vez na China em dezembro de 2019. Brasil confirmou os primeiros casos em 26 de fevereiro de 2020, em um paciente retornando da Itália.

    Situação epidemiológica no Brasil

    Atualmente existem 2,227,514 casos confirmados de COVID19 em todo o Brasil (23 de julho de 2020). Desses, 439,446 (20%) de todos os casos confirmados foram relatados no estado de São Paulo e 148,623 casos (7%) no estado do Rio de Janeiro. Observe que esses números contêm informações reportadas pelos veículos de mídia locais e podem não corresponder aos números relatados pelo Ministério da Saúde do Brasil. Verifique as atualizações diárias fornecidas pelo Ministério da Saúde do Brasil .

    O primeiro caso no Brasil foi confirmado em 26 de fevereiro de 2020 ( confira nosso breve relatório aqui ). Desde então, o vírus foi detectado nas cinco regiões do país. A transmissão local foi confirmada em todas as regiões do país.

    Primeiros genomas SARS-CoV-2 da América Latina. Leia mais

    Fornecemos um breve relatório e análise filogenética dos primeiros casos confirmados de COVID-2 no Brasil. O primeiro genoma e o relatório foram gerados em menos de 48 horas após o diagnóstico confirmatório no Instituto Adolfo Lutz. Dos casos suspeitos de COVID-19 , dois até agora deram positivo para COVID-19. Os dois casos viajaram para o norte da Itália. Descrições clínicas e epidemiológicas detalhadas para pacientes suspeitos e confirmados, inclusive para os dois pacientes aqui relatados, estão disponíveis na Rede Nacional de Alerta e Resposta a Emergências em Saúde Pública do Ministério da Saúde do Brasil. Um relatório completo sobre nossas descobertas genéticas, incluindo dados brutos e análises, pode ser encontrado em Virological.org .

    Rotas da introdução do COVID-19 no Brasil

    Numa fase inicial da epidemia, quando o número de casos de SARS-CoV-2 importados estava aumentando no Brasil, usámos dados de incidência e histórico de viagens aéreas para estimar as rotas de importação mais importantes para o país. Tal análise permite sugerir onde

    Entre fevereiro e março de 2019, o Brasil recebeu 841.302 passageiros internacionais em um total de 84 cidades em todo o país (Figura 1). São Paulo, a maior cidade do país, foi o destino final de quase metade (46,1%) dos passageiros que chegaram ao Brasil, seguidos pelo Rio de Janeiro (21%) e Belo Horizonte (4,1%). Mais da metade dos passageiros internacionais iniciaram a viagem nos EUA (50,8%), seguidos pela França (7,9%) e Itália (7,5%). As rotas de viagens aéreas para aeroportos no Brasil com maior número de passageiros foram EUA-São Paulo (23,3%), EUA-Rio de Janeiro (9,8%) e Itália-São Paulo (3,4%).

    Potencial de importação de COVID-19 para o Brasil. O painel à esquerda mostra a proporção (%) de passageiros das 20 principais rotas para aeroportos brasileiros de países que notificaram casos de COVID-19 até 5 de março de 2020. Painel na proporção estimada do lado direito (%) das importações para as 20 principais rotas de países que reportaram COVID-19 local até 5 de março de 2020.

    É importante ressaltar que, com a recente redução no número de voos saindo da Itália e 51% dos voos para o Brasil partindo de aeroportos nos EUA, devemos antecipar uma proporção crescente de viajantes infectados que chegam dos EUA. Em um momento em que o número de casos de SARS-CoV-2 cresce constantemente no Brasil, nossas descobertas destacam o alto potencial para a introdução de novos casos em várias cidades do Brasil, especialmente nas metrópoles de São Paulo e Rio de Janeiro. A identificação rápida de localidades onde os grupos de transmissão locais podem se infectar pela primeira vez é fundamental para coordenar melhor as ações preventivas ,  de prontidão e resposta. Há uma necessidade crítica de dados epidemiológicos, de mobilidade humana e genéticos para entender a dinâmica de transmissão de vírus em todo o Brasil. A integração contínua desses fluxos de dados deve ajudar a orientar a implantação de recursos para mitigar a transmissão do COVID-19 no Brasil.

    Confira nossa publicação científica aqui Confira também um vídeo do youtube do Dr. Chico Camargo explicando nossas descobertas.

    Características epidemiológicas e clínicas da epidemia de COVID-19 no Brasil. Leia Mais

    O primeiro caso de COVID-19 foi detectado no Brasil em 25 de fevereiro de 2020. Relatamos e contextualizamos os achados epidemiológicos, demográficos e clínicos para casos de COVID-19 durante os primeiros 3 meses do epidemia. Em 31 de maio de 2020, 514.200 casos de COVID-19, incluindo 29.314 mortes, foram notificados em 75,3% (4.196 de 5.570) dos municípios em todas as cinco regiões administrativas do Brasil. O valor R 0 para o Brasil foi estimado em 3,1 (intervalo de credibilidade bayesiana de 95% = 2,4-5,5), com uma mediana mais alta, mas intervalos credíveis sobrepostos em comparação com alguns outros gravemente afetados países. Foi identificada uma associação positiva entre maior renda per capita e diagnóstico de COVID-19. Além disso, os casos de infecção respiratória aguda grave de etiologia desconhecida foram associados a uma renda per capita mais baixa. A co-circulação de seis vírus respiratórios foi detectada, mas em níveis muito baixos. Esses achados fornecem uma descrição abrangente da epidemia de COVID-19 em andamento no Brasil e podem ajudar a orientar medidas subsequentes para controlar a transmissão do vírus.

    Evolução e epidemia disseminação do SARS-CoV-2 no Brasil. Leia mais

    Devido aos dados limitados disponíveis, as avaliações do impacto das intervenções não farmacêuticas (NPIs) sobre a propagação do vírus permanecem desafiadoras. Usando um modelo de transmissão baseado em mobilidade, mostramos que NPIs reduziram o número de reprodução de & gt; 3 para 1 para 1,6 em São Paulo e no Rio de Janeiro. Sequenciamento de 427 novos genomas e análise de um conjunto de dados genômicos geograficamente representativos identificou & gt; 100 introduções internacionais de vírus no Brasil. Estimamos que a maioria (76%) das cepas brasileiras caiu em três clados que foram introduzidos da Europa entre 22 de fevereiro e 11 de março de 2020. Durante a fase inicial da epidemia, descobrimos que o SARS-CoV-2 se espalhou principalmente localmente e dentro das fronteiras estaduais . Após esse período, apesar da queda acentuada nas viagens aéreas, estimamos exportações múltiplas de grandes centros urbanos que coincidiram com um aumento de 25% nas distâncias médias percorridas em voos nacionais. Este estudo lança uma nova luz sobre a transmissão epidêmica e as trajetórias evolutivas das linhagens SARS-CoV-2 no Brasil e fornece evidências de que as intervenções atuais ainda são insuficientes para manter a transmissão do vírus sob controle no país.

    Distribuição de intervalo serial da infecção por SARS-CoV-2 no Brasil. Leia mais

    As avaliações atuais da dinâmica de transmissão do SARS-CoV-2 contam com estimativas precisas dos principais parâmetros epidemiológicos, incluindo o intervalo serial, que pode ser definido como o tempo entre o início dos sintomas na fonte e o início dos sintomas no receptor. Estimamos o intervalo serial de SARS-CoV-2 de 65 pares de infectados-infectados do Brasil. O intervalo serial médio em nossos dados foi estimado em 3 (desvio padrão = 3,29) dias.

    Imunidade de rebanho ao COVID-19 na região Amazônica

    Preprint: medRxiv, September 2020, https://doi.org/10.1101/2020.09.16.20194787

    O limiar de imunidade de rebanho é atingido quando uma determinada proporção da população se torna imune a um agente infeccioso, por infecção natural ou vacinação, de modo que, na ausência de medidas preventivas adicionais, novos casos entram em declínio e o número de reprodução efetiva se torna menor que um. No caso do COVID-19 esse parâmetro epidemiológico fundamental continua desconhecido, e modelos matemáticos têm chegado a estimativas muito divergentes. Estudos a nível populacional utilizando testes de anticorpos para inferir o total cumulativo de infecções podem prover evidência empírica do nível de imunidade em áreas muito acometidas. Neste relatório, nós mostramos que a transmissão de SARS-CoV-2 em Manaus, na região amazônica, aumentou rapidamente em março e abril, e caiu mais lentamente entre maio e setembro. Em junho, um mês após o pico da epidemia, 44% da população tinha anticorpos detectáveis, indicando uma incidência cumulativa de 52% após correção da taxa de falso-negativos inerentes ao exame. A soroprevalência caiu em julho e agosto, com a redução dos níveis de anticorpo circulante. Após correção levando em conta esta redução, nós estimamos que a proporção final da população infectada foi de 66%. Embora intervenções não-farmacêuticas e mudanças comportamentais da população possam ter auxiliado na redução da transmissão de SARS-CoV-2 em Manaus, a taxa de infecção elevada sugere que imunidade de rebanho teve um papel importante em determinar o tamanho final da epidemia.

    Transmissão local da linhagem SARS-CoV-2 B.1.1.7, Brasil, dezembro de 2020. Leia mais

    Em dezembro de 2020, a vigilância da pesquisa detectou a linhagem B.1.1.7 da síndrome respiratória aguda grave coronavírus 2 em São Paulo, Brasil. O sequenciamento genômico rápido e a análise filogenética revelaram 2 introduções distintas da linhagem. Um paciente relatou nenhuma viagem internacional. Pode haver mais infecções por esta linhagem no Brasil do que relatado. Nós relatamos o contexto filogenético de novos genomas de síndrome respiratória aguda grave coronavírus 2 B.1.1.7 isolados de 2 pacientes no Brasil (Figura).

    Ressurgimento do COVID-19 em Manaus, Brasil, apesar da alta soroprevalência. Leia mais

    Nosso comentário mais recente sobre o ressurgimento do COVID-19 em Manaus, Brasil, apesar da alta soroprevalência, foi publicado em The Lancet. Depois de inicialmente conter a síndrome respiratória aguda grave coronavírus 2 (SARS-CoV-2), muitos países europeus e asiáticos tiveram um ressurgimento de COVID-19 consistente com uma grande proporção da população permanecendo suscetível ao vírus após a primeira onda epidêmica. Por outro lado, em Manaus, Brasil, um estudo de doadores de sangue indicou que 76% (IC 95% 67–98) da população havia sido infectada com SARS-CoV-2 em outubro de 2020.

    Genômica e epidemiologia de uma nova linhagem SARS-CoV-2 em Manaus, Brasil Leia mais

    Casos de infecção por SARS-CoV-2 em Manaus, Brasil, ressurgiram no final de 2020, apesar dos altos níveis de infecção anterior lá. Por meio do sequenciamento do genoma de vírus amostrados em Manaus entre novembro de 2020 e janeiro de 2021, identificamos o surgimento e a circulação de uma nova variante do SARS-CoV-2, a linhagem P.1, que adquiriu 17 mutações, incluindo um trio na proteína spike (K417T, E484K e N501Y) associado ao aumento da ligação ao receptor ACE2 humano. A análise do relógio molecular mostra que a emergência P.1 ocorreu por volta do início de novembro de 2020 e foi precedida por um período de evolução molecular mais rápida. Usando um modelo dinâmico de duas categorias que integra dados genômicos e de mortalidade, estimamos que P.1 pode ser 1,4-2,2 vezes mais transmissível e 25-61% mais probabilidade de escapar da imunidade protetora induzida por infecção anterior com linhagens não-P.1 . A vigilância genômica global aprimorada de variantes preocupantes, que podem exibir maior transmissibilidade e / ou evasão imunológica, é crítica para acelerar a resposta à pandemia.

    Virus infecioso em amostras respiratórias de trabalhadores de saúde re-infectados com SARS-CoV-2 no Brazil, 2020, Emerging Infectious Diseases, Leia mais

    Neste estudo, descrevemos 4 casos de reinfeção de SARS-CoV-2 por linhagens não classificadas como não variantes de preocupação (VOCs, variant of concers) em profissionais de saúde em Campinas, São Paulo, Brasil. Também, isolamos vírus infecioso nas secreções nasofaríngeas durante as duas infeções. Portanto, melhoramento e contínua aplicação das medidas de seguranças são necessárias para mitigar o risco de reinfeção entre os profissionais de saúde.