Visualizações atualizadas de dados genômicos gerados pelo CADDE e outros grupos para melhorar a compreensão epidemiológica e a resposta a surtos no Brasil. Para obter informações adicionais sobre compartilhamento e disponibilidade de dados, entre em contato .
Vírus zika
Novo – Rastreando a evolução do vírus Zika em tempo real no Brasil usando o Nextstrain
Novo – Visualizando informações genômicas do vírus Zika no Brasil usando o MicroReact
O vírus zika (ZIKV) é um membro do vírus RNA de sentido positivo da família Flaviviridae que também inclui o vírus da febre amarela, o vírus da dengue e o vírus do Nilo Ocidental. É transmitida principalmente pelos mosquitos Aedes aegypti e Aedes albopictus . classificado em dois genótipos: o genótipo africano restrito ao continente africano; e o genótipo asiático, que tem sido associado a grandes surtos no sudeste da Ásia, nas ilhas do Pacífico e, mais recentemente, nas Américas. Uma visão geral recente da pandemia de zika para 2015-2019 destaca um impressionante conjunto de informações geradas nos últimos quatro anos de um vírus que era pouco compreendido até recentemente.
A transmissão do ZIKV nas Américas foi confirmada pela primeira vez em maio de 2015, no nordeste do Brasil . Entretanto, as análises de relógio filogenético e molecular mostram uma única introdução do ZIKV no nordeste do Brasil, provavelmente das Ilhas do Pacífico, até fevereiro de 2014. É provável que o vírus tenha se disseminado do nordeste do Brasil, nacional e internacionalmente, meses antes da primeira detecção nas Américas. O papel do nordeste do Brasil no estabelecimento do ZIKV nas Américas é ainda apoiado pela análise geográfica do potencial de transmissão do ZIKV e por estimativas da reprodução básica número do vírus .
O Brasil registrou o número mais alto dos casos de ZIKV em todo o mundo e na maioria dos casos associados a microcefalia e outros defeitos congênitos. A geração de genomas de ZIKV tem sido desafiadora devido à viremia transitória após infecção . Felizmente, novos protocolos de enriquecimento por PCR multiplex permitiram que os pesquisadores gerassem dados do genoma em campo em 1-2 dias a partir de amostras clínicas usando ou outras plataformas de sequenciamento.
Os genomas dos casos de microcefalia têm sido notoriamente difíceis de obter devido à baixa viremia nos bebês nascidos com a condição e ao baixo risco geral de microcefalia por gravidez, apesar de muito altas taxas de ataque . As novas visualizações incluem novos genomas do vírus Zika obtidos de bebês com microcefalia do nordeste do Brasil, que foram gentilmente compartilhados antes da publicação pelo parceiro do CADDE Prof. Renato Santana da Universidade Federal de Minas Gerais. Não foi observado agrupamento óbvio de genomas de microcefalia. Uma análise completa desses dados está sendo preparada para publicação.
De maneira tranquilizadora, considerando que a epidemia atual parece estar quase no fim, foi previsto que a imunidade do rebanho levará a um atraso de pelo menos uma década antes da ocorrência de grandes epidemias .
Vírus da febre amarela
Novo – Rastreando a evolução do vírus da febre amarela em tempo real no Brasil usando o Nextstrain
Novo – Visualizando informações genômicas do vírus da febre amarela no Brasil usando o MicroReact
A febre amarela (YF) é responsável por dezenas de milhares de mortes anualmente na América do Sul e África e é a infecção mais grave transmitida por mosquitos nos trópicos . Apesar da existência de uma vacina eficaz contra a febre aftosa desde 1937 , estima-se que > 400 milhões de pessoas não vacinadas vivem em áreas com risco de infecção. Surtos de grande escala podem ocorrer a cada 3 a 10 anos em áreas endêmicas na ausência de imunização.
No Brasil, as epidemias de YFV foram descritas pela primeira vez nas cidades portuárias de Recife e Olinda, estado de Pernambuco, nordeste do Brasil, em 1685 . Até 1928, as epidemias de YFV no Brasil ocorriam por meio de um “ciclo urbano”, no qual os seres humanos são infectados por Aedes spp. mosquitos que se alimentam principalmente de seres humanos. Desde 1935, a transmissão do YFV parece ocorrer principalmente por meio do “ciclo silvático”, no qual primatas não humanos (NHP) são infectados por mosquitos infectados que habitam árvores, como Haemagogus spp. e Sabethes spp .
O YFV pode ser classificado em quatro genótipos que refletem agrupamentos geográficos: os genótipos da África Ocidental, da África Oriental e da América do Sul 1 (SA1) e 2 (SA2). O Brasil experimentou recentemente o maior surto de febre aftosa registrado há décadas, com> 2250 casos confirmados e> 750 mortes desde dezembro de 2016. Este é o maior surto nas Américas em um século. A recente descoberta de YFV no brasileiro Aedes spp. mosquitos destaca a necessidade de monitorar o risco de restabelecimento da transmissão urbana de YFV nas Américas.
O seqüenciamento genômico revolucionou a maneira como a transmissão da febre amarela é monitorada. A primeira análise disponível ao público < / a> dos dados genômicos gerados em tempo real em Minas Gerais, no epicentro do surto, revelaram múltiplos eventos de transmissão entre espécies de cepas pertencentes ao genótipo SA1. Levantamentos entomológicos identificaram a Haemagogus leucocelanus e a Haemagogus janthinomy s como vetores primários na transmissão silvática durante esse surto. As análises subsequentes revelaram para as zonas de alta densidade populacional com uma grande fracção de pessoas não vacinadas na costa atlântica do brasil. Pesquisas recentes forneceram ainda uma digitação rápida e precisa de cepas circulantes.
No estado de São Paulo, os surtos de YFV são cíclicos e ocorrem a cada 8 anos. Assim, em 2024, devemos esperar um novo surto em São Paulo e / ou na região sudeste. Para se proteger, a seus amigos e sua família, encontre aqui o ponto de vacinação mais próximo a você neste mapa . Os parceiros da CADDE estão comprometidos em criar e implementar novas estruturas para monitorar a transmissão de YFV e se espalharem em tempo real que, em última análise, contribuirão para uma estratégia global para eliminar futuras epidemias de YFV. Larry Brilliant, que ajudou a erradicar a varíola, disse uma vez que “surtos são inevitáveis. Epidemias são opcionais. ” Vamos usar as melhores informações possíveis e as ferramentas do século XXI para eliminar epidemias de febre amarela da mundo até 2026 .
Sorotipo 2 do vírus da Dengue
Novo – Rastreando a evolução do vírus da dengue em tempo real no Brasil usando o Nextstrain < / a>
Novo – Visualizando informações genômicas do vírus da dengue no Brasil usando o MicroReact
O vírus da dengue (DENV) é um membro do vírus RNA de sentido positivo da família Flaviviridae que também inclui o vírus da febre amarela, o vírus Zika e o vírus do Nilo Ocidental. A dengue é a mais importante doença viral transmitida por mosquitos em humanos. As infecções por DENV são causadas por quatro sorotipos (DENV 1-4) que são geneticamente relacionados, mas antigenicamente distintos.
A infecção por dengue resulta em uma variedade de sintomas que variam de febre leve a febre hemorrágica da dengue e / ou síndrome do choque da dengue (DHF / DSS). Os resultados clínicos estão associados a diferentes tipos de infecção, sorotipos virais, genótipos, linhagens e fatores genéticos do hospedeiro.
Quase 500 milhões de pessoas estão em risco de infecção por DENV nas Américas . Como uma doença infecciosa reemergente, a DENV tornou-se uma séria ameaça à saúde pública no continente, particularmente no Brasil, onde foi introduzida na década de 1980 e tornou-se bem estabelecida devido à reinfestação em todo o país do Espécies vetoriais de mosquitos Aedes aegypti . O Brasil é “hiperendêmico”, com a co-circulação dos quatro sorotipos de DENV .
Até novembro de 2019, o Brasil respondia por 60% de todos os 2.070.170 casos denunciados por DENV nas Américas. Até o momento, não existe informação genômica sobre qual sorotipo ou linhagem está causando o recente surto no país. O CADDE conduziu uma investigação rápida em epidemiologia genômica usando sequenciamento portátil de casos humanos em dois municípios diferentes e gravemente afetados no estado de São Paulo, Brasil . Curiosamente, o surto de dengue de 2019 no Brasil é causado por um recém-introduzido genótipo III de DENV 2 (asiático / americano) que parece estar substituindo linhagens de DENV2 que circulavam anteriormente. Uma pré-impressão das primeiras descobertas de Jaqueline de Jesus pode ser encontrada aqui .
Chikungunya virus
New – Visualizing Chikungunya virus genomic information in Brazil using MicroReact
O vírus Chikungunya (CHIKV) é um membro do alfavírus da família Togaviridae. É transmitida principalmente pelos mosquitos Aedes aegypti e Aedes albopictus . O CHIKV foi isolado e descrito pela primeira vez em 1952, após um grande surto de doença febril no sul da Tanzânia. Os sintomas mais comuns da infecção pelo CHIKV são febre, artralgia e erupção cutânea. De fato, a palavra chikungunya significa “aquilo que se dobra”, refletindo uma das principais características da infecção pelo CHIKV – episódios agudos e graves de artralgia . Outros sintomas incluem febre, dor de cabeça, mialgia e erupção cutânea.
O CHIKV pode ser classificado em três genótipos principais . O genótipo da África Ocidental é endêmico no oeste da África e causa surtos locais geralmente associados a um ciclo silvático. O genótipo Leste-Centro-Sul-Africano (ECSA) passou de ciclos silváticos apenas para também causar transmissão endêmica humana, principalmente por mosquitos Aedes aegypti . Sua introdução na Ásia levou à evolução de um terceiro genótipo responsável por um grande número de casos no sudeste da Ásia, o genótipo asiático. Em 2004, uma nova linhagem derivada da ECSA se espalhou do Quênia para as ilhas do Oceano Índico na costa africana. Esta nova linhagem foi adaptada à transmissão por mosquitos Aedes albopictusdisparando grandes surtos nas ilhas e também no sudeste da Ásia, especialmente na Índia .
A transmissão autóctone de CHIKV nas Américas foi relatada pela primeira vez no final de 2013, quando os primeiros casos do genótipo asiático foram confirmados em Saint Martin, no Caribe. No entanto, a análise filogenética apóia a entrada do vírus CHIKV nas Américas, ocorrida no início de 2013 . Nos três anos seguintes de circulação, o surto atingiu um estado epidêmico, levando a mais de 2 milhões de casos em 52 países nas Américas .
Os primeiros casos de CHIKV no Brasil foram relatados apenas em setembro de 2014, quase um ano após os relatórios em Saint Martin. Quatro anos depois, mais de 600.000 casos foram notificados pelo Ministério da Saúde do Brasil e as epidemias ainda estão em andamento. Segundo dados da Organização Pan-Americana da Saúde, o Brasil responde por 78% de todos os casos de CHIKV registrados nas Américas.
Curiosamente, dois genótipos de CHIKV foram descritos simultaneamente em duas regiões diferentes do país: o genótipo asiático no norte do Brasil e o genótipo ECSA no nordeste do Brasil. Embora o genótipo asiático pareça ter causado surtos locais no norte, muitos surtos da ECSA foram relatados em todo o país. A análise filogenética sugere que a ECSA chegou ao nordeste do Brasil em meados de 2014 , o que é apoiado pela chegada do suposto caso índice em Feira de Santana, na Bahia .
Oropouche virus
New – Visualizing oropouche virus virus genomic information using MicroReact (fragment L, fragment M, fragment S)
A bacia amazônica é sede de inúmeros patógenos virais transmitidos por artrópodes que causam doenças febris em humanos. Entre estes, o oropouche orthobunyavirus (OROV) é um membro relativamente pouco estudado dos Peribunyavirales que causa surtos periódicos em populações humanas no Brasil e em outros países da América do Sul.
Desde sua primeira descrição em 1961, em Trinidad e Tobago, o OROV causou vários surtos e infecções esporádicas na Amazônia brasileira, principalmente nos estados do Pará, Amapá, Rondônia, Maranhão, Acre, Amazonas, Minas Gerais, Mato Grosso e Tocantins, e evidências sugerem a circulação de OROV em outros estados da região central do Brasil.
O vírus foi isolado de preguiças (Bradypus trydactilus) e sagüis (Callithrix sp.), Bem como de invertebrados como Culex p. mosquitos quinquefasciatus e Ochlerotatus serratus e mosquitos que picam Culicoides paraensis.
O genoma do OROV é típico dos Orthobunyavirus e é composto por três segmentos de RNA de sentido negativo de diferentes tamanhos: um grande segmento (L) que codifica uma RNA polimerase dependente de RNA, um segmento médio (M) que codifica uma poliproteína de membrana.
A análise genética revela diferentes processos evolutivos nos três segmentos que abrangem o genoma viral que pode ser explicado pelo rearranjo enigmático nas Américas. Uma pré-impressão das descobertas iniciais de Bernardo Gutierrez pode ser encontrada aqui .
